Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	NC_000913	3,413,571	T→C	intergenic (‑106/‑293)	acrS ← / → acrE	acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	NC_000913	3,413,571	0	T	C	100.0%	46.6 / NA	14	intergenic (‑106/‑293)	acrS/acrE	acrAB operon transcriptional repressor/cytoplasmic membrane lipoprotein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (6/8);  total (6/8)

AAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACA  >  NC_000913/3413508‑3413615                                                                |                                             aaaaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATaa                                          >  1:666032/1‑68 (MQ=255)   aaTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAAt                                        <  2:690638/68‑1 (MQ=255)    aTAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATc                                       <  2:202578/68‑1 (MQ=255)           aGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTtaaat                                <  2:666033/68‑1 (MQ=255)               tAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTaaataaat                            <  1:245017/68‑1 (MQ=255)                  tCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAaataat                         <  1:409505/68‑1 (MQ=255)                   cTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAaataatt                        >  1:613352/1‑67 (MQ=255)                   cTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAataata                        >  1:317845/1‑68 (MQ=255)                        aCCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAatatatat                   >  1:151769/1‑68 (MQ=255)                         ccTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAATATAtatt                  <  2:191104/68‑1 (MQ=255)                          cTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAATATAtatta                 >  2:230985/1‑68 (MQ=255)                              tgtgTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTa             >  2:444048/1‑68 (MQ=255)                                 gtATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCt          <  1:85643/68‑1 (MQ=255)                                         aCGAGAGGCTAATATTTAGTTGCCATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACa  <  2:317846/68‑1 (MQ=255)                                                                |                                             AAAATAGCGAAGGTTAATCTATCACCTAATGTGTATTTATACGAGAGGCTAATATTGAGTTGCTATAAATCGTTAAATAAATAATATATATTATTTACCTAAGATACA  >  NC_000913/3413508‑3413615

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑