| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779_cfb | 2,409,829 | C→A | intergenic (‑87/+544) | nuoA ← / ← lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunitA/DNA‑binding transcriptional repressor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779_cfb | 2,409,829 | 0 | C | A | 97.4% | 240.3 / ‑1.7 | 78 | intergenic (‑87/+544) | nuoA/lrhA | NADH:ubiquinone oxidoreductase, membrane subunitA/DNA‑binding transcriptional repressor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base A (40/36); total (41/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.87e-01 | |||||||||||
CGCGTGCGCGACCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTT > NC_007779_cfb/2409616‑2410069 | cgcgTGCGCGACCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTaa > 2:762853/1‑250 (MQ=255) cgACCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGAtgtg > 1:73169/1‑250 (MQ=255) aCCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGt > 1:558270/1‑250 (MQ=255) aCCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGt < 2:230057/250‑1 (MQ=255) ccTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGttttt < 1:913354/250‑1 (MQ=255) aaaaaCCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGTGCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAAAGCCCAGTGATGAGCGAGGACTTCAGTGGATGTTGTCATACTCATTGCTTACCCATCAAAAGAAGCGTCAGATTCTGTGATCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTAATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATATAACTACTTGATGTGGTTGTTTAc > 1:624421/1‑250 (MQ=255) ccTACCAGCATTAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACa < 2:559600/216‑1 (MQ=255) ccTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACa > 1:559600/1‑216 (MQ=255) cATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCACCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACTCCACATCGATTCATGGGGATGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGt < 2:413388/250‑1 (MQ=255) aaCACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAAt > 2:374284/1‑206 (MQ=255) aaCACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAAt < 1:374284/206‑1 (MQ=255) 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tAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACa < 1:295159/179‑1 (MQ=255) tAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGCGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACa > 2:295159/1‑179 (MQ=255) agaaagaTAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGtt > 1:907847/1‑250 (MQ=255) gaaagaTAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGATTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAAACTTATAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGttt > 1:840354/1‑250 (MQ=255) 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CGCGTGCGCGACCGCCTAAAAACCAACCGCCTACCAGCATCAGGCAACACAGGCCAATGGCAACGATAAGAAAGATAGCGAATGCCCAGTGATGAGCGATGACTTCAGTGGATGTTGACATACTCATTGCTTACTCATCAAAAGTAGCGCCAGATTCACTGCTCTTCACGGCAGATGGACGCCACATCGATTCATGGGGAGGAATAAAAAAAACCTTACAATCACTGTAGAAATTCTTTTATACAGCTAATTGATGTGGTTTTTTACTCCTTTCTATAACCTTTTGTCAACTTTAACAAAAGTTTCTTCACATTAGTTTACATAATATCAACACCATTAGCATTTAATGCCCTTTCACCCCAGATCCTTGACGACTCCAGGATAATTAGATGTTGTTGAATCGTGTCCGTTGTGAAGCAATGGAAAAAATACGGGTCTATTTTGACAGGAATTT > NC_007779_cfb/2409616‑2410069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |