New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | NC_007779_cfb | 3746911 = | NA (NA) | 125 (1.030) | 102/434 | 0.3 | 98.4% | intergenic (‑509/‑68) | mdtL/insH_13 | multidrug efflux system protein/IS5 element protein |
? | NC_007779_cfb | = 3972853 | 2 (0.020) | coding (19/1401 nt) | gadA | glutamate decarboxylase A, PLP‑dependent |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_007779_cfb/3747156‑3746911 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATC < NC_007779_cfb/3972853‑3972613 TGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAA < 1:10626/250‑1 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AGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGATCCCTGTTCTATGGCTCCAGACGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCG < 1:922449/164‑1 GAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAA < 1:436486/250‑1 AAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCTCTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAt > 2:454269/1‑216 AAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCTCTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAt < 1:454269/217‑2 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> 1:378311/1‑222 TGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTAGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATAGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATA < 1:61398/250‑1 CTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACAGGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTA > 1:405289/1‑172 CTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACAGGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTA < 2:405289/172‑1 TGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAA > 2:1315946/1‑250 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> 2:284835/1‑131 TGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGC < 1:1315946/250‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTT < 2:167790/181‑1 AGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTT > 1:167790/1‑181 GACAAACATGATCTAATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCATAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTACGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATATAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATATAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAAACGCCCAAACATTGC < 2:518696/250‑1 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GATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCC < 2:588148/147‑1 aATATCAGGGACTTGGTCGCACCTTCATTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGGCTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCA < 2:157046/249‑1 GACTTGTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTA < 1:586382/250‑1 GTTCGCACCTTCCTTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAGCATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTT > 1:1021980/1‑250 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‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAACAGCTTCTGGTCCATTTCGAACTCCTTAAATTTATTTGAAGGCAATAAAAAAGTAGGATTTATCCGCAATGGAAGCAAGGCATTACAGGCTTAATTTAAATAACAAAATCCTAAGCAGAAAAACGACTTTTTATAATATAAACATTTAACATGATAATATTAAAAACAGACTTTATTATCGTAATAAAAATCGCCCAAACATTGCTGTTCGGGCGATCAAATTAATTATTGTTTATC < NC_007779_cfb/3972853‑3972613 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |