| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_007779_cfb | 1,422,016 | C→A | intergenic (‑61/‑63) | racR ← / → ydaS | DNA‑binding transcriptional regulator/DNA‑binding transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779_cfb | 1,422,016 | 0 | C | A | 98.5% | 649.2 / ‑0.3 | 202 | intergenic (‑61/‑63) | racR/ydaS | DNA‑binding transcriptional regulator/DNA‑binding transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base A (103/96); total (104/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.50e-01 | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
AAAAGAAACGCCATAATTCTGGAAGTTTATCTTTACTTATAGAGCCTTTCTTAATCCAGTCATAAATTGATGGTGGTTGGACTTTAAAGTGGCGTGCGACCTCCGCCTTTGATTTGACGGATCCCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTCTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCACAGCCTATTGACAATTGCGTTAGGCGTCGCCTAATATTTCTGTGTGTTTTTGGAGTTCATTCGATGAAAAAAGAGAACTATTCATTCAAGCAAGCTTGTGCTGTTGTCGGTGGGCAATCAGCAATGGCTAGGCTTTTAGGTGTATCACCTCCAAGCGTAAATCAATGGATCAAAGGGGTACGTCAATTGCCTGCCGAGAGATGTCCAGCAATTGAACGTGCAACAAGAGGTGAGGTTCTGTGCGAAG > NC_007779_cfb/1421769‑1422262 | aaaagaaaCGCCATAATTCTGGAAGTTTATCTTTACTTATAGAGCCTTTCTTAATCCAGTCATAAATTGATGGTGGTTGGACTTTAAAGTGGCGTGCGAACTCCGCCTTTTATTTGATGGATTTCGATGCGATTTTTTTGTTAATGGCCTGCTCTATCGCTCGGCCTAAGTTTTTACCACTAAGCATTGCTTAATATTCTCCTATGCGCATTACATTAGGCAATCCCTACCCTTACTGCATTAGGCAAAg > 2:322642/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |