Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_007779_cfb | 312,546 | G→T | intergenic (‑80/‑1035) | b4671 ← / → yeeJ_2 | Gene added/attaching and effacing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_007779_cfb | 312,546 | 0 | G | T | 99.0% | 323.9 / NA | 101 | intergenic (‑80/‑1035) | b4671/yeeJ_2 | Gene added/attaching and effacing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base T (51/47); minor base A (0/1); total (51/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AGGGAGAGGATGCATATTTTAAATATCACTGAAGTGAACAGTTTATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTT‑AAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTGACATGTATCACAAATTTGAATAGATGTATTACATCAACTATCTTTTATTGCACCAACGTCATTGATATATGTCGCCTGAAGTCAGTTCCGGGAATGAGTCTGATCTCAAGACTGGCCCAGTCCGGGCGTTGATTGGTGCTGAGGAGCATATCGCATCTCATCATAATGTCGTATCTCCTGGGGTGTTATACAAGATATCGTTGTTGGTGACCTGGGAGAGGAATTGAGTTCTATTAAACCG > NC_007779_cfb/312311‑312787 | aGGGAGAGGATGCATATTTTAAATATCACTGAAGTGAACAGTTTATTTCCGTTATTAATAGAAATGGAGAAATAAATAGGCGTATTCTACAATTGCGACAAAAACAACGATATTAATCAGTTTATGACTGATTTGCTGTACTTTATTCTCTTTCATTGGTACTTCCTCGCTTT‑AAAAAAGAGTGCACTTCGTAAGTGCCCTTATATAAATAACGAGTTTGGTCAACCAATTTTTTTACATGTATCACaaa > 1:1195497/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |