| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 1,246,811 | 0 | G | T | 21.9% | 320.9 / 19.9 | 114 | L25F (TTG→TTT) | Y75_RS06255 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/72); new base T (25/0); total (42/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.56e-14 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TTTCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCTGCGCTTATTGAACATTTAGAATTG‑ATCAATCCTTCTGGCAGA‑TTAAGCCAAAATACCCGTTCGGCAATGCTTCAGTTACGC‑GAAGAGGAATGGTCTGAATTC‑TTTTTTTGGTTGCTAAATTCTCTGGAGTGTCTGGATTATGTGATTATTAATTTAACTCCAGAAAGCAAAAAAACGTTGATGAGTGAACACCGTAACAATATTCAGGTAGCAATTGATGCTTTATATAGCCAACGTCGGC > NC_007779/1246563‑1247055 | tCATAAGGCGGATAGCGATACAGATGCCGCTATCCGCTTTCACATCAGAACGTATACTCGACACCTGCTTTACGGGTGAAAAAAATCAATATAGCACTTCGATATCCGATAAAGTCGGTTCCCGGTAACAACAACAGAATCCTTTTTTAATTATTGTTTCGTTGTTTTTGGTGTGATTCAGAAAATAAATATTTTAGACAGTAGCCAGTCAGGCGTTAAAAATGGGGCGGATAGTGAGGCGG‑TTTTGGCt > 1:820871/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |