Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,974,713 | 0 | G | T | 23.4% | 356.4 / 33.9 | 142 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (18/90); new base T (33/0); total (52/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.69e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 151 total aligned reads displayed.
GTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTGCGGATGCAAG‑CCAAATTCGAGTAGATAAGT‑GTGTTGAAAATTTTGTATTCGTGTCAAGGGACACGCTTTCATTATTTCTCCCGATGCTCAAGGAGGAGGCATTAAATCTTCATG‑CACAT‑AAAAAAGTTTCTTCATTACTCGTTCATCACTGTAGTAG‑AGATATTCCTGTTTTTCAGGAAGTTGCGCAACTATCGCAGAATAAGAATCTTCGCTATGCAGAAATGCTACGTAAAAGAGCATTAATCTTTG > NC_007779/3974465‑3974962 | gTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTGc < 2:199223/250‑1 (MQ=255) ccTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTGCGGATg < 2:1363913/250‑1 (MQ=255) tGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTGCGGATGCa > 1:696143/1‑250 (MQ=255) cccGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTGCGGATGCAAg < 2:715286/250‑1 (MQ=255) ccGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GACCTGGTTTTTTCGGATGCAAG‑c > 1:581366/1‑250 (MQ=255) cGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GGACTTGTTTTTTCGGGTGCAAG‑cc > 1:1399272/1‑250 (MQ=255) cGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑AACCTGGTTTTTTTGGGTGTAAG‑cc > 2:103322/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |