| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | = 1218027 | 1 (0.010) | 117 (1.190) | 91/498 | 0.2 | 99.2% | coding (82/267 nt) | ariR | biofilm/acid‑resistance regulator AriR |
| ? | NC_007779 | 1980209 = | NA (NA) | intergenic (‑298/+146) | flhD/Y75_RS09980 | flagellar transcriptional regulator FlhD/IS5‑like element IS5 family transposase | |||||
Only 100 of 215 total aligned reads displayed.
AAGATGCTTTCCGACGCGATTTAATTGACAGCATAATTCGTGATTTTAGCAATAGTGATTCAGGAGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTTTAG > NC_007779/1217778‑1218276 | tggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTag < 2:614252‑M2/4‑1 (MQ=255)tggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTag > 1:914673‑M2/247‑250 (MQ=255) gtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTagaa > 2:734282‑M2/245‑250 (MQ=255) aTGCTTTCCGACGCGATTTAATTGACAGCATAATTCGTGATTTTAGCAATAGTGATTCAGGAGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTCAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGgga > 2:907237‑M1/1‑247 (MQ=255) 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catgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATaca > 1:646076‑M2/153‑250 (MQ=255) catgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATaca < 2:205693‑M2/98‑1 (MQ=255) aaaGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGggaaggtgcgaataagcggggaaattcttctcggctgactcagtcatttcatttcttcatgtttgagccgattttttctcccgtaaatgccttgaatca > 1:380527‑M1/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |