Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_007779 | 2,902,371 | 0 | G | A | 24.1% | 368.1 / 82.3 | 162 | intergenic (+341/+1032) | Y75_RS14470/queE | kinase/7‑carboxy‑7‑deazaguanine synthase QueE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/113); new base A (39/0); total (49/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-28 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
AAATGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAGACAAACTT‑CCAGATTTATTAC‑TTAACCAATGAATAACAAGCTTAAAAAATATACT‑GTTA‑TTCTAAAGAAAAAATTAACAGGCATTAATTCAATATTAAAAAAATAATAGATT‑AAAATTTCTTAACGATTTAAGAATCATACAAATAACACTTTGATTAAATTTAATTTTTTGTATCGATAATTGTGAACCTCTCTGGCATGGAGAACTATTTTGAACATGAGGTGTTACGTGGATATGTTGCTTATTAC > NC_007779/2902122‑2902620 | aaaTGATAACAAGTCCGGTTTATCCCCGCTGATGCAGGGAACATAATAAAAACTTTAACTAGTTCGGTTTATCCCTGTTTTTACAAGGAATATTAACTACACTCGATGTCTTTAGAATAAAAGACAATACGAATCGCACTTTATCAATTTTCACTTAAAGTATGAACTGGATATCTTTATTCATAAGAACTATTCATCAACAGCGTATAGAGGCGGTTATGTAAAACCACTCATTAGCCTCAAAACAAAg < 2:302604/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |