Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_007779 | 3,205,091 | 0 | C | T | 28.5% | 274.8 / 54.2 | 144 | intergenic (‑179/‑28) | ttdR/ttdA | DNA‑binding transcriptional activator TtdR/L(+)‑tartrate dehydratase subunit alpha |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/99); new base T (41/0); total (45/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.89e-32 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
TAAAACTCCCGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACA‑TTTTTAGTGGTAGTTTGTGGC‑GGTGAATTTTTCCAGACAAATACAAAAACTGGA‑GTTGCCATGATGAGC‑GAAAGTAATAAGCAACAGGCAGTGAATAAGTTGACAGAGATTGTCGCTAACTTTACCGCCATGATTTCTACCCGAATGCCTGATGAC‑GTGGTGGATAAACTAAAACAGCTAAAGGATGCCGAAACGTCGTCGATGGGGAAAATTATCTACCATACGATGTTCGACAACATGCAAAAAGCGATTGACCTGAATCGTCCTGCCTGTCAGGACACC > NC_007779/3204843‑3205340 | tAAAACTCCCGCTGTGAACGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTCTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGGCGCAATATTCATTCTTATTTTCGCGTTGATTCACGAACTGTTAATTACATATTCACGGTGGCAAAAAATATAAAACCACA‑TTTTTAGTGTTAGTTTGTGGC‑GGTGCATATTTct > 2:1211493/1‑249 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |