| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_007779 | 3982165 = | 2 (0.010) | intergenic (‑116/+683) | gadE/hdeD | acid resistance transcriptional activator GadE/acid‑resistance protein HdeD | |||||
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
ACGATAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/3747874‑3748105‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAGCTGGCAATTG > NC_007779/3982165‑3982412 GATAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACT > 1:909304/1‑250 TAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAA > 1:652892/1‑250 CAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAA > 1:263577/1‑250 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CAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACT > 2:838987/1‑250 ACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAA < 2:909304/250‑1 TGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTT < 2:185473/250‑1 AGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAA > 1:509372/1‑250 GAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAA < 2:426167/250‑1 ATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGT > 2:718770/1‑250 ATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCC < 1:1038144/250‑1 TGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCG < 1:929420/250‑1 GACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGA > 2:42900/1‑250 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TGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTT < 1:998822/250‑1 AGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATAT > 2:185814/1‑250 GAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAG > 2:1003775/1‑250 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TCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTT > 2:120114/1‑250 TCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTT < 1:1254601/250‑1 TCCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGGTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTT > 1:719927/1‑250 CCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTT < 1:1106410/250‑1 CCCCGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTT > 1:437823/1‑250 CGCTTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGA > 1:700425/1‑250 TTATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTT > 1:824067/1‑250 ATTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAA > 1:876002/1‑250 TTCGCACCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAG > 2:557558/1‑250 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CCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAGCTGGCA > 1:151505/1‑250 CCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAGCTGGCA < 2:519060/250‑1 CCTTCCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACATCAGATTTATCCATCAAGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCATTGTTTCGACTTAAGCTGGCA < 2:1302465/250‑1 CCCTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAGCTGGCAATTG > 1:517123/1‑250 ACGATAACCAACTGGCGATGTTATTCACGCTGGCCAACCTGTTTCGGGCGGACCAAATGATACGTCAGTGGGAGAGATCTCACTAAAAACTGGGGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_007779/3747874‑3748105‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAATACGTCTATTAACACTAATCAATACTTCAGATTTATCCATCACGCACTCCATATATTGATCCTAAGTAAGATTCCTGGTTGTTATCAGCTTGTAAATAGCAAACAAAAAGTTAACGTTTGCGGATTACTGCCCAAGAATAAGTTATCAATAACCAGTTTGTGATCTCTGAAGAATATTACTAAAGTTAAAATGTAATCCGATTTAAATATCGAGTCTCCTTGTTTCGACTTAAGCTGGCAATTG > NC_007779/3982165‑3982412 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |