| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_007779 | 3837650 = | 251 (1.130) | 3 (0.010) | 3/492 | 38.3 | 1.2% | coding (294/1020 nt) | waaO | lipopolysaccharide 3‑alpha‑galactosyltransferase |
| ? | NC_007779 | 3837669 = | 252 (1.150) | coding (313/1020 nt) | waaO | lipopolysaccharide 3‑alpha‑galactosyltransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
TATTGATTATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAGCACTAAGAATTGGACTCATGCAATATATTTTCGTTTTGTTATTGCAGATTACTTTATTAATAAGGCGCCTAAAGTCCTTTATCTGGATGCAGATATCATTTGTCAGGGGACTATTGAGCCACTAATTAATTTCTCATTTCCTGACGATAAAGTCGCAATGGTTGTTACAGAAGGGCAAGCTGACTGGTGGGAAAAACGCGCCCATTCGTTAGGTGTTGCGGGAATTGCTAAAGGTT > NC_007779/3837401‑3837897 | tATTGATTATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTgcgc < 2:1539513/250‑1 (MQ=255) aTTGATTATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTT‑GTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTc > 2:568948/1‑250 (MQ=255) aTTATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCAtt < 1:1589944/250‑1 (MQ=255) tATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGc > 1:1653864/1‑250 (MQ=255) tATGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGc > 2:1513771/1‑250 (MQ=255) aTGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGcc > 1:1379261/1‑250 (MQ=255) aTGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGcc > 2:730615/1‑250 (MQ=255) aTGATCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGcc < 1:580522/250‑1 (MQ=255) aTCATAAAGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAg > 1:1800799/1‑250 (MQ=255) aaaGTAGAAACAGAAAATCTTTGTCTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAGCCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAGCACTa < 2:637900/250‑1 (MQ=255) 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cTGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAGCACTAAGAATTGGACTCATGCAATATAtt < 2:8751/250‑1 (MQ=255) tGGACATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAGCACTAAGAATTGGACTCATGCAATATAttt > 2:339631/1‑250 (MQ=255) cATCGCTTATGGAACTGACAAAAACTTTCTATTTGGTTGCGGAATTTCGATTGCTTCAATATTAAAATATAATGAAGGAAGTCGATTGTGTTTCCATATTTTTACTGATTATTTTGGTGATGATGATCGTAAGTATTTTGATGCCCTGGCGTTGCAGTATAAAACCAGAATTAAAATATATCTGATTAATGGTGATCGACTGCGCTCATTGCCTAGCACTAAGAATTGGACTCATGCAATATATTTTCGt > 2:1110669/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |