| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 634,289 | 0 | C | A | 23.9% | 482.7 / 41.5 | 167 | G104V (GGT→GTT) | Y75_RS03120 | ParB‑like nuclease domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/101); new base A (40/0); total (66/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.70e-21 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 171 total aligned reads displayed.
CAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGC‑GGTGAAAACCATCCACGATTTCCATGGCATTTTTATCCGTATGTGTGACCACAAT‑GGGTTGGGTAAAACCATCTATTTCAATGGATTTTTGCAGCAGTTTTTTTTCGGGTGGTGCCACGTTG‑TTTGGGTTGTAATCATTAGGCATAAGTTGGCTGTTTTTAACCCACAGAACGCAATCCACTGGCTCTTCAC‑GAAAGGGGCTAACCTGATGGATCGCCATGCGGATTTCATTAATCGCTTTGATGCGATCATCTTCC > NC_007779/634045‑634537 | cagcaCTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCAACTGGCTAAGTTCACGGACGATTTCCGACATGGCGGTGATTTGATGGCGTCCACGAGCGCGATTATGACGAATAGTCGCGGCGATGCGTTGATTACGCGTACCTTCCAGACAGGTCACCGGCAAATAACCTTTTAAGCGTAATTTTAATGATGATGAGCCTTTACCAATTTCATGGC‑GGTGTAAAACATcc > 1:1358321/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |