| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_007779 | 666,783 | A→T | D619E (GAT→GAA) | mrdA ← | peptidoglycan DD‑transpeptidase MrdA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 666,783 | 0 | A | T | 99.2% | 498.3 / ‑3.7 | 130 | D619E (GAT→GAA) | mrdA | peptidoglycan DD‑transpeptidase MrdA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base T (80/49); total (81/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TGCGCCATCACCACCATGATGACCAGACCCATCGCGATTTGGCCGATTTTACGCTCCATCATGCCAATATCCTGACCGCTGGCGCTCCAGATAACCAGGGCGCTGTAAACCAGCAATGCCAGTAAGATCAGCAGCATTGTGGGATCGAGATGGACTTTATCCCAGAATGTTTTTTTATTCGGATTATCCGTCATGATTAATGGTCCTCCGCTGCGGCAACCGCTGGATTTTCCGCAGGCAGATCGGTGTTGTTATCACCCAGCATAATGTGGTCGAGGATCTGGCGCATCAGTGTACCAACCGCCGGACCCGCACCACCGTTCTCCAGAATCATGGCGACAGCCACTTGCGGATTGTTGTATGGCGCAAAGGCGGTCATCAGTTTGTGGTCACGTAAACGCTCGGCAATTTTGTGCGCATTATAGGTTTCGTTCGCTTTCAGACCGAAGACCTGAGCGGTACCGGATTTCGCCGCAATTTTGTACG > NC_007779/666542‑667027 | cATCACCACCATGATGACCAGACCCATCGCGATTTGGCCGATTTTACGCTCCATCATGCCAATATCCTGACCGCTGGCGCTCCAGATAACCAGGGCGCTGTAAACCAGCAATGCCAGTAAGATCAGCAGCATTGTGGGATCGAAATGGACTTTATCCCAGAATGTTTTTTTATTCGGATTATCCGTCATGATTAATGGTCCTCCGCTGCGGCAACCGCTGGATTTTCCGCAGGCAGTTCGGTGTTGTTAt > 2:1431914/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |