| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_007779 | 4,639,891 | A→G | S34P (TCC→CCC) | robA ← | MDR efflux pump AcrAB transcriptional activator RobA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_007779 | 4,639,891 | 0 | A | G | 92.6% | 463.2 / 19.1 | 135 | S34P (TCC→CCC) | robA | MDR efflux pump AcrAB transcriptional activator RobA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/4); new base G (83/42); total (89/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
ATACCAAAGGCGCTCCATTCAGGAGAACGGCGGTAAAGTGCAGGAGTCTGGGCAAACTGCTTCTTGAATGCGCGGGTAAATGTCTGTTGAGAGTCGAAGCGGTATTGCAGCGCGATGTCCAGAATCGGACGCGCAGTCA‑GGCGTAGTGCGACCGCCGATTTCGACAAACGACGAGCACGAATATACGCGCCAATAGCATGGCCAGTGACATCTTTAAACATTCTCTGTAAGTGCCACTTGGAATAACCTGCTTTCGCCGCTACATTGTCGAGCGACAGGGGCTGATCCAGATGACCTTCCAGCCAGATTAAAAGGTCGCGAATAATGCCGGCCTGATCCATAAAATATCCTCATCCTTTCAACAACGAGCACCTGACATCAGGTAATTGGATAATAGCATTTTTTGCTGTTTTAGCATTCAGTGTTTTTTTCTTAGTAGAGTATGTTTTAGGGCTTGACGGAAATAAAAGTATTGAGATTTTGTTCTTA > NC_007779/4639650‑4640138 | ctttcccgttctcTCCATTCAGGAGACCGGCGGAAAAGTGCGGGAGTCGGGCCAACCTGTTTCTTGAATGCGCGGGTAATTTTCGGATGAGAGCCGAGGCGTTTTTCCAGCGCGTTCCCCAGAATCGGCCGCGCAGTCG‑GGCGTAGTGCGACCGCCGATTTCGACAAACGACGAGCACGAATATACGCGCCAATAGCATGGCCAGTGACATCTTTAAACATTCTCTGTAAGTGCCACTTGGGATAACCTg < 2:220365/238‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |