New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 4311557 | NA (NA) | 140 (1.200) | 109/496 | 0.1 | 99.3% | pseudogene (921/921 nt) | alsK | allose kinase |
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Only 100 of 252 total aligned reads displayed.
CCAGTTTCGGTATACATCGTTTCAAGGTGAAATTAGATACTACGTATTGTATAAAATATGCCATTCTCGCATTTTTAGCTTTATTGCCTTTTCTCGCTGTTGCTGGTTATATTATCTTCG‑ATCAAATATTAAATGCGTATGATAGTTCTGTATATGCAAATGATGACATTGAGAATTTACAGCAATTTATGGAAATGCAACGTAAAATGATAATCGCGCAGTTAATCTATTATTTTGGGATTGCTGTTAGCACAAGTTATTTAACGGTGTCTTTGCGAAACCATTTTATGAGCAACCTGTCACTGAATGATGGGCGTATTCGTTTTCGCTTAACTTTAACGTACCACGGTATGCTTTATCGCATGTGTGCGTTGGTGGTGATATCCGGGATTACGGGCGGTCTGGCTTATCCACTGCTGAAAATATGGATGATTGACTGGCAGGCAAAAAATACGTATTTGCTGGGCGATTTGGATGACCTTCCTTTAATCAATAAAG > NC_007779/4485038‑4485535 | ccAGTTTCGGTATACATCGTTTCAAGGTGAAATTAGATACTACGTATTGTATAAAATATGCCATTCTCGCATTTTTAGCTTTATTGCCTTTTCTCGCTGTTGCTGGTTATATTATCTTCG‑ATCAAATATTAAATGCGTATGATAGTTCTGTATATGCAAATGATGACATTGAGAATTTACAGCAATTTATGGAAATGCAACGTAAAATGATAATCGCGCAGTTAATCTATTATTTTGGGATTGCTGTTAg < 2:280832/250‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |