Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,974,713 | 0 | G | T | 28.9% | 314.5 / 44.9 | 135 | A37S (GCG→TCG) | gadX | acid resistance transcriptional activator GadX |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/79); new base T (38/1); total (55/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.13e-19 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
AGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GA‑CC‑TGGTTTTTGCGGATGCAAGCCAAATTCGAGTAGATAAGTGTG‑TTGAAAA‑TTTTGTATTCGTGTCAAGGGACACGCTTTCATTATTTCTCCCGATGCTCAAGGAGGAGGCATTAAATCTTCATGCACAT‑AAAAAAGTTTCTTCATTACTCGTTCATCACTGTAGTAGAGATATTCCTGTTTTTCAGGAAGTTGCGCAACTATCGCAGAATAAGAATCTTCGCTATGCAGAAATGCTACGTAAAAGAGCATTAATCT > NC_007779/3974464‑3974959 | aGTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GA‑CC‑TGGTTTTTg < 2:916252/250‑1 (MQ=255) gTCATCCTGCCCGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GA‑CC‑TGGTTTTTGc > 2:1275024/1‑250 (MQ=255) ccGTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GA‑AC‑TGGGTTTTGCGGATGGAAGc > 1:745170/1‑250 (MQ=255) gTAGAACATCACACATTATCATCCTGTTCTCCCGCTTCGTTTAAATTTATTTATCAATCAATTTGACTTAAGAGGGCGGCGTGCTACATTAATAAACAGTAATATGTTTATGTAATATTAAGTCAACTATGCAATCACTACATGGGAATTGTCTAATTGCGTATGCAAGACATAAATATATTCTCACCATGGTTAATGGTGAATATCGCTATTTTAATGGCGGT‑GA‑CC‑TGGTTTTTGCGGATGCAAGCCa > 1:170471/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |