New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_007779 | = 1218027 | 1 (0.010) | 128 (1.080) | 107/496 | 0.2 | 99.2% | coding (82/267 nt) | ariR | biofilm/acid‑resistance regulator AriR |
? | NC_007779 | 1980209 = | NA (NA) | intergenic (‑298/+146) | flhD/Y75_RS09980 | flagellar transcriptional regulator FlhD/IS5‑like element IS5 family transposase |
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
AAGATGCTTTCCGACGCGATTTAATTGACAGCATAATTCGTGATTTTAGCAATAGTGATTCAGGAGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGAAGAAGAATCAGCAGTGTTAGGGCAGGCTGTCACCAATTTAATGCTTTCAGGCGATAATGTTAATAATAAAAATATTATCTTAAGTCTGATACACTCCTTGGAAACAACAAGTGATATTCTCAAAGCTGATGTGATTAGAAAAACACTGGAAATCGTGTTGCGATACACAGCTGATGATATGTAACTTCTAATTATTAAGTATAAGTTTATAGAAAACTCATTCATCTTATTTTTGTCTGTCGCTT > NC_007779/1217778‑1218273 | tggtttccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTag < 1:1023239‑M2/4‑1 (MQ=255) aTGCTTTCCGACGCGATTTAATTGACAGCATAATTCGTGATTTTAGCAATAGTGATTCAGGAGGGCCAAACCGAAGAACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATTCATAATGCAATAACTGATAAAGCGTTAGCAAGTTACTTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGgga > 1:539213‑M1/1‑247 (MQ=255) ccagcggataaggtcgccggccattaccagccttggggtaaaacggctcgatgacttccaccatgttttgccatggcagaatctgctccatgcgggacaagaaaatctcttttctggtctgacggcgcttactgctgaattcactgtcggcgaaggtaagttgatgactcatgatgaaccctgttctatggctccagatgacaaacatgatctcatatcagggacttgttcgcaccttccTTagaagaag < 1:1037844‑M2/10‑1 (MQ=255) aTTTAATTGACAGCATAATTCGTGATTTTAGCAATAGTGATTCAGGAGGGCCAAACCGAAGGACAGCGACAGCTGACAATAAAAGTATGTTCAATGGTAAGAAAATAAACAGAATACATTAAAATTTCATAAGTAAGATGAGAGGTTACCATGCTTGAAGATACTACAATACAGAATGCAATAACTTATAAAGCGTTAGCAAGTTACGTTCGCAGTTCGGGTAATTTGTTAGggaagctgcgaagaagcg < 2:121972‑M1/250‑19 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |