| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_007779 | 4,291,300 | 0 | G | A | 27.5% | 129.3 / 28.1 | 69 | intergenic (‑339/‑54) | acs/nrfA | acetate‑‑CoA ligase/ammonia‑forming nitrite reductase cytochrome c552 subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/8); new base A (0/19); total (42/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
AGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGT‑TGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATA‑GGGGCGAGCAATGTCATGAC‑AGTGTAGGTGCGGTTACTG‑TCGTGAAAAACAATAAAAACCGCCATTGCAACAATGGCGCAATTCGGATGAAGCCCCTATGACAAGGATAAAAATAAACGCACGCCGTATCTTCAGCTTATTGATTCCTTTTTTCTTTTTCACTTCTGTTCACGCTGAACAAACGGCTGCTCCCGCAAAACCTGTAACTGTGGAAGCGAAGAATGAAACCTTTGCCCCGCAGCATCCCGATCAATATCTCTCCTGGAAAGCCACCTCGGAACAGTCAGAGCGTG > NC_007779/4291051‑4291549 | aGATCACGCAAAAGTAGAATTGTGCAAATAAACGGCAGGGTAATTTTTGAAGGTCAGCAACAAAAGTTGATTAATTCTTTGAGGAACATGCAGTTATGCATGCTGT‑TGAAAAAGAGGAAGATACTGACTAACTCTAAAGTGGTATTTTACATGCACTTACAATTGATTAAAGACAACATTCACAGTGTGGTTATTTGTTACACATA‑GGGGCGAGCAATGTCATGAC‑AGTGTAGGTGCGGTTACTG‑TCGTg < 1:1096083/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |