Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 29,486 | 0 | C | A | 28.4% | 178.2 / 33.5 | 74 | intergenic (+291/‑165) | dapB/Y75_RS00165 | 4‑hydroxy‑tetrahydrodipicolinate reductase/glutamine‑hydrolyzing carbamoyl‑phosphate synthase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/4); new base A (0/21); total (49/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.35e-15 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
GATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCC‑ACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGG > NC_007779/29242‑29734 | gATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCC‑ACAAaat > 1:787765/1‑250 (MQ=255) 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ccTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCC‑ACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGtt > 2:436601/1‑250 (MQ=255) ttttATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCC‑ACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGa > 2:729337/1‑250 (MQ=255) ttATTTTTGGTGTTATTTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCAAAAAATTACTTTTTTTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAATGTAATTTTTGCCCATTTGGCCCATTTTTTTCTGCTCTTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTCCC‑AGAACAGTTTAGATGA‑TTTTTTTGTCGTTTAATGCCTGAAAAACATGCATGAGCC‑AAAAAATAATAAAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACt < 1:1030623/250‑1 (MQ=255) 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GATTATAAAGGGCTTTAATTTTTGGCCCTTTTATTTTTGGTGTTATGTTTTTAAA‑TTGTCTATAAGTGCCAAAAATTACATGTTTTGTCTTCTGTTTTTGTTGTTTTAATGTAAATTTTGACCATTTGGTCCACTTTTTTCTGCTCGTTTTTATT‑TCATGCAATCTTCTTGCTGCGCAAGCGTTTTCC‑AGAACAGGTTAGATGA‑TCTTTTTGTCGCTTAATGCCTGTAAAACATGCATGAGCC‑ACAAAATAATATAAAAAATCCCGCCATTAAGTTGACTTTTAGCGCCCATATCTCCAGAATGCCGCCGTTTGCCAGAAATTCGTCGGTAAGCAGATTTGCATTGATTTACGTCATCATTGTGAATTAATATGCAAATAAAGTGAGTGAATATTCTCTGGAGGGTGTTTTGATTAAGTCAGCGCTATTGGTTCTGGAAGACGGAACCCAGTTTCACGGTCGGGCCATAGGGGCAACAGGTTCGGCGGTTGGG > NC_007779/29242‑29734 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |