Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_007779 | 3,948,766 | G→A | R320H (CGT→CAT) | bcsB → | cellulose biosynthesis cyclic di‑GMP‑binding regulatory protein BcsB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_007779 | 3,948,766 | 0 | G | A | 99.2% | 476.5 / ‑5.0 | 126 | R320H (CGT→CAT) | bcsB | cellulose biosynthesis cyclic di‑GMP‑binding regulatory protein BcsB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (67/57); total (69/57) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
CGCCGGATGTTGGGCTGCAACAAGCCTCTGCCATTGTCGCCTCGTGGTTTGGTTCGCGTTCTGGCTGGCGTGGGCAGAACTTCCCGGTACTCTATAACCAACTGCCGGATCGCAATGCCATTGTCTTTGCAACCAACGACAAACGGCCGGACTTCCTGCGCGATCATCCGGCGGTAAAAGCCCCGGTGATTGAGATGATTAACCATCCGCAGAATCCTTACGTCAAACTGCTGGTGGTGTTTGGTCGTGACGACAAAGACCTGTTGCAGGCAGCGAAAGGTATCGCTCAGGGTAACATTCTGTTCCGTGGTGAAAGCGTGGTAGTGAATGAAGTGAAACCGCTGCTACCGCGTAAGCCGTACGATGCGCCGAACTGGGTACGTACCGATCGTCCGGTCACATTTGGCGAACTGAAAACCTATGAAGAACAGTTACAATCCAGCGGTCTTGAGCCAGCAGCGATTAACGTTTCGCTAAACCTGCCGCCGGATCT > NC_007779/3948520‑3949012 | cgcCGGATGTTGGGCTGCAACAAGCCTCTGCCATTGTCGCCTCGTGGTTTGGTTCGCGTTCTGGCTGGCGTGGGCAGAACTTCCCGGTACTCTATAACCAACTGCCGGATCGCAATGCCATTGTCTTTGCAACCAACGACAAACGGCCGGACTTCCTGCGCGATCATCCGGCGGTAAAAGCCCCGGCGATTGAGATGATTAACCATCCGCAGAATCCTTACGTCAAACTGCTGGTGGTGTTTGGTCATga > 2:574878/1‑250 (MQ=255) cGGATGTTGGGCTGCAACAAGCCTCTGCCATTGTCGCCTCGTGGTTTGGTTCGCGTTCTGGCTGGCGTGGGCAGAACTTCCCGGTACTCTATAACCAACTGCCGGATCGCAATGCCATTGTCTTTGCAACCAACGACAAACGGCCGGACTTCCTGCGCGATCATCCGGCGGTAAAAGCCCCGGTGATTGAGATGATTAACCATCCGCAGAATCCTTACGTCAAACTGCTGGTGGTGTTTGGTCATgacga > 1:1042722/1‑250 (MQ=255) gTTGGGCTGCAACAAGCCTCTGCCATTGTCGCCTCGTGGTTTGGTTCGCGTTCTGGCTGGCGTGGGCAGAACTTCCCGGTACTCTATAACCAACTGCCGGATCGCAATGCCATTGTCTTTGCAACCAACGACAAACGGCCGGACTTCCTGCGCGATCATCCGGCGGTAAAAGCCCCGGTGATTGAGATGATTAACCATCCGCAGAATCCTTACGTCAAACTGCTGGTGGTGTTTGGTCATGACGACAAAg > 2:751893/1‑250 (MQ=255) ttGGGCTGCAACAAGCCTCTGCCATTGTCGCCTCGTGGTTTGGTTCGCGTTCTGGCTGGCGTGGGCAGAACTTCCCGGTACTCTATAACCAACTGCCGGATCGCAATGCCATTGTCTTTGCAACCAACGACAAACGGCCGGACTTCCTGCGCGATCATCCGGCGGTAAAAGCCCCGGTGATTGAGATGATTAACCATCCGCAGAATCCTTACGTCAAACTGCTGGTGGTGTTTGGTCATGACGACAAAGa > 1:774256/1‑250 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |