| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP009273 | 1,104,736 | C→T | intergenic (‑339/‑55) | opgC ← / → opgG | osmoregulated periplasmic glucan succinylation membrane protein/osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 1,104,736 | 0 | C | T | 98.8% | 280.4 / NA | 85 | intergenic (‑339/‑55) | opgC/opgG | osmoregulated periplasmic glucan succinylation membrane protein/osmoregulated periplasmic glucan (OPG) biosynthesis periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (34/50); minor base G (1/0); total (35/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACACGAAGTCGATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGC > CP009273/1104590‑1104881 | tACACGAAGTCGATGGTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGa < 2:582816/149‑1 (MQ=255) acGAAGTCGATGCTTTTGGCTGTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCTTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGatat < 1:138251/149‑1 (MQ=255) acGAAGTCGATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGatat < 1:1076411/149‑1 (MQ=255) cGAAGTCGATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGAtata < 2:591280/149‑1 (MQ=255) aaGGCGATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTTATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAg < 2:998274/149‑1 (MQ=255) gATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGcacac > 2:793888/1‑149 (MQ=255) cTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAg < 1:221005/149‑1 (MQ=255) ttCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAgg < 2:102672/149‑1 (MQ=255) tCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGaa < 2:258558/149‑1 (MQ=255) tttAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGt > 2:503663/1‑149 (MQ=255) ttAGGAGAAGCACGGAAAGTG‑AAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATGGATATAAGCACACAAAAGGGGGCGTGc > 2:640462/1‑149 (MQ=255) tctgcgaAGCACCGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGCGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGATGAACGATACCGGGCTTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGc < 1:529749/144‑1 (MQ=255) aGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAGCGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCAGGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCt < 2:962291/149‑1 (MQ=255) 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aCGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGcac > 1:286802/1‑123 (MQ=255) aCGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGcac < 2:286802/123‑1 (MQ=255) aCGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTa < 2:64359/149‑1 (MQ=255) cGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTAt < 2:260553/149‑1 (MQ=255) ggAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGGGCTTACTAATTATg > 2:205799/1‑149 (MQ=255) gAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGa < 2:458952/149‑1 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ggTTGCAATCAGGTGCTTAATCCAGGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTAc < 2:231929/149‑1 (MQ=255) gCAATCAGGTGCTTAATCCATGGGCCAGCGTGTTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAat < 2:1352351/149‑1 (MQ=255) gCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAat < 2:1179237/149‑1 (MQ=255) aaTCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGGGCTTACTAATTATGAAACATAAACAACAAat‑ga > 2:847013/1‑149 (MQ=255) gTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGaaaa > 1:467432/1‑149 (MQ=255) 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cATTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTAGACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtg < 1:874640/149‑1 (MQ=255) aTTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtga > 2:1068223/1‑149 (MQ=255) aTTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtga > 1:1074146/1‑149 (MQ=255) aTTAAAATAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGCTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGACTtga > 2:705032/1‑149 (MQ=255) aTTAAAACAGATCGGAGTGAACTACGCTCACAAAGGGGGAAGTGCTCAATAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCACTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtga < 1:715903/149‑1 (MQ=255) aaaaTAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATtgatga > 2:66144/1‑149 (MQ=255) tAGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTc < 1:1316510/149‑1 (MQ=255) aGATCGGATTGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCg > 2:1401854/1‑149 (MQ=255) atcggattgATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCa > 1:1142501/1‑149 (MQ=255) gattgATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAaagc > 1:790115/1‑149 (MQ=255) | TACACGAAGTCGATGCTTCTGTCTTTAGGAGAAGCACGGAAAGTGAAAACGGTTGCAATCAGGTGCTTAATCCATGAGCCAGCGTGCTGAACGATACCGGGATTCTGTTGTCGGAATGGCTGGTTATCCATTAAAATAGATCGGATCGATATAAGCACACAAAGGGGGAAGTGCTTACTAATTATGAAACATAAACTACAAAT‑GATGAAAATGCGTTGGTTGAGTGCTGCAGTAATGTTAACCCTGTATACATCTTCAAGCTGGGCTTTCAGTATTGATGATGTCGCAAAGC > CP009273/1104590‑1104881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |