| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,176,704:1 | +T | 6.5% | intergenic (+22/+468) | zupT → / ← ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,176,704 | 1 | . | T | 6.5% | 244.9 / 10.8 | 62 | intergenic (+22/+468) | zupT/ribB | zinc transporter/3,4‑dihydroxy‑2‑butanone‑4‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (36/22); new base T (2/2); total (38/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.26e-01 | |||||||||||
GTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGC > CP009273/3176557‑3176851 | gTTGAGGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑g < 2:359162/149‑1 (MQ=255) atggATTGATGCCGCTCGACACAGGGCTTGATTCTTACAGTCACCCCAGCTTTGGCGGTCTATGTGGAATTTCTGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCa < 1:387246/149‑1 (MQ=255) tgaATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCAt > 2:44341/1‑149 (MQ=255) tgaATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCAt < 1:504015/149‑1 (MQ=255) aaTTAATGCCGCTGGCCAAAGGGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGTATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATgg > 2:615383/1‑149 (MQ=255) ttAACGCCGCTCGCCACAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGAc < 2:164696/149‑1 (MQ=255) aaTGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATACCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACaa < 2:842575/149‑1 (MQ=255) acgCCGCTCGACAAAGAGATTGACTCTAATAATCACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAAc < 2:723273/147‑1 (MQ=255) gCCGCTCGCCAAAGGGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGGGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCAGCAAACGGCGGGAATTGGTTAAAGACAAAATAAGAAGGTGTCCA‑ggacgtggaagactg > 2:9860/1‑135 (MQ=255) cGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTGTGTGGAATGTCAGTGATGGGAGTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGCAGTTGTCAA‑GCGCATGTACaaagtct > 2:228513/1‑144 (MQ=255) cTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAAAGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGc > 1:556438/1‑149 (MQ=255) aaaGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCtt > 2:89749/1‑149 (MQ=255) agagATTGACCCTAATAATACCCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACTGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCa < 2:338698/149‑1 (MQ=255) gctatggACGCTAATAACACCCCGCGCTATGGCGTACGATGTTGAATGTCAGTGATGGGAGTCAGTTGAGTGCTGCCACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACGTCCGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCAc < 1:753770/143‑1 (MQ=255) agaTTGACCCTACTACTCTCCCTAGCTATGGCGTACTATGTGGAAGGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTTCTGCTACTAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACAGCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTgatgttgttttt < 1:684527/149‑12 (MQ=25) agaTTGACCCTAATGATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACAGCAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTgatgttgttttt < 1:717541/149‑12 (MQ=37) aTTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCTGCTTCACGaa > 2:329187/1‑149 (MQ=255) gACCTTAATGATAACCCCAGCTAGGGCCTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGAGTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGc < 1:146718/149‑1 (MQ=255) 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aCTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTTTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAATGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGtctcttcc < 1:635359/149‑2 (MQ=255) aCTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGtctcttct < 2:83905/149‑1 (MQ=255) cTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGtctcttctc > 2:537936/1‑149 (MQ=255) tgtgGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTAATTCTAACTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCg > 2:583226/1‑149 (MQ=255) cAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTaa > 1:130778/1‑149 (MQ=255) 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ggATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTAACTTTTCTGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGt > 2:377421/1‑149 (MQ=255) ggAATCAGCTTAGGTCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAGAAACAAGATGAGGAGTTGTCCA‑GAGCATAGACAACTTCTACCAGCCTCACCCAAGCCGTATTCTACATTTTCTGCTGTCTCCTTTCTCGCACTGTTTAAGTCttttt > 1:61557/1‑147 (MQ=255) ttCCGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTCAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTCCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTcc < 2:566920/149‑1 (MQ=255) tCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCcg > 2:826576/1‑149 (MQ=255) cAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCcgc < 1:259498/149‑1 (MQ=255) gTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTACCGCGCTTCaa > 2:59719/1‑149 (MQ=255) gctACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGCCAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTAATTGTTCCGCGCTTCAAACAGt > 1:41120/1‑149 (MQ=255) tACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGc < 1:810688/149‑1 (MQ=255) cAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGt < 2:675023/149‑1 (MQ=255) aaaCGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGtc > 2:199769/1‑149 (MQ=255) aaCGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGtct < 1:740729/149‑1 (MQ=255) gcggGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGt > 2:105929/1‑149 (MQ=255) tttAAAAACAACATCAGAAGGTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGTCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTCAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGaaa < 1:195584/148‑1 (MQ=255) tAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGGAACg > 1:393939/1‑149 (MQ=255) aaaCAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGGGTCTCTGTCCTGGCGGATCGccc > 1:709025/1‑149 (MQ=255) aagaaaaTCAGAGGTTGTCCA‑GCGTGGGGAGATATGCTGAAAGGTTGAGGGAGGCCTTATTGTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTGTAAGTATTTGTTCTGGGCTTCAAGCAGTGCGTTTCTGTCCTGGCGATACGccgg > 1:79718/7‑147 (MQ=255) gctggcAGAAGTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACa > 2:404475/6‑149 (MQ=39) tCAGAGGTTGTCCC‑GCGCATGGACCACTTCTGCCAGCTTCCCGAATGCCTTCTCCTACCTCTCCGCCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTACGTATTTGTTCCGCGCTGCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCTCGACAATaa < 1:651996/149‑1 (MQ=255) cAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCGTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAGACGCCCGACAGTAAc > 1:290990/1‑149 (MQ=255) aGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGGAACGGCCGACACTAACGttt > 1:607058/1‑149 (MQ=255) aGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAAGAACGttt > 2:862783/1‑149 (MQ=255) gTTGTCCATGCGC‑TGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGCAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGttta > 2:316636/1‑148 (MQ=255) tCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAACCTTATTCCACCCTTTCGGCTGTCTCTCCTCACGTACTGGTTAAGTCGTTGCTCCGCGCATGAAGCAGTCCGTCGCTGTCCTGCCGAAACGCCCGACAATAACGTTGCacag > 1:733819/1‑146 (MQ=255) ccA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGCCAATAACGTTTCAAATg > 1:73929/1‑149 (MQ=255) ccA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATg > 1:805534/1‑149 (MQ=255) cA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGc > 2:317253/1‑149 (MQ=255) | GTTGATGAATTAATGCCGCTCGCCAAAGAGATTGACCCTAATAATAACCCCAGCTATGGCGTACTATGTGGAATGTCAGTGATGGGATTCAGTTTAGTGCTGCTACAAACGGCGGGAATTGGTTAAAAACAACATCAGAAGTTGTCCA‑GCGCATGGACAACTTCTGCCAGCTTCACGAAAGCCTTATTCTACCTTTTCGGCTGTCTCTTCTCTCGTACTGTTTAAGTATTTGTTCCGCGCTTCAAGCAGTGCGTCTCTGTCCTGGCGAAACGCCCGACAATAACGTTTCAAATGC > CP009273/3176557‑3176851 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |