| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | 164 (1.010) | 102/296 | 0.3 | 97.0% | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 3649852 | 5 (0.030) | coding (249/333 nt) | hdeA | stress response protein acid‑resistance protein | |||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
TTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGT > CP009273/3649704‑3649997 | tttAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGg < 1:218982‑M2/149‑2 (MQ=255) cataacctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGAt < 2:418600‑M2/11‑1 (MQ=255) tAACGAAGATATGCCGGCATGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggt > 2:2474891‑M2/1‑146 (MQ=255) agaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGGCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgat > 2:2533423‑M2/1‑143 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatg < 2:583050‑M2/149‑8 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatg < 2:1585264‑M2/149‑8 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatg < 1:2061664‑M2/149‑8 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatc < 1:437690‑M2/149‑8 (MQ=255) gaagaTATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACAGATCTTTCTTCATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAGACCGGAACGggtgatg < 2:1089235‑M2/149‑8 (MQ=255) ctgaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgtgcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTgg < 2:1728385‑M2/17‑1 (MQ=255) gaatctgaggcagcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTgggg < 2:349481‑M2/19‑1 (MQ=255) atatTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTCCAAGCCTGAACGggtgatgctgc < 1:367122‑M2/149‑12 (MQ=255) ggCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGACCGggtgatgctgccaactta < 2:922039‑M2/149‑19 (MQ=255) gcagcacatggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcgatggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaaaactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATGACTGGGGTTACGGTTg > 1:1976388‑M2/122‑149 (MQ=255) agcacctggcacggctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcgtgacaaagtcatcgggcattatatgaacataaaacactgtcaataagttggagtcattaacGCCTGAACAAtagcaggggttcaggtgcaa > 1:2355541‑M2/120‑140 (MQ=255) cctggcacggcggggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATAc < 2:2066763‑M2/34‑1 (MQ=255) cAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTCATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGATAGTTTATCCTGAGTACAAGCGTGAACGggtgatgctgccaacttactgattta < 1:1466492‑M2/149‑27 (MQ=255) aaTATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttag < 1:779072‑M2/149‑28 (MQ=255) 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gctgggacggaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACAt < 2:902824‑M2/43‑1 (MQ=255) gctgggacggaagtcgctgtcgtgctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACAt < 1:708193‑M2/43‑1 (MQ=255) aGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgat < 2:2296831‑M2/149‑36 (MQ=255) ggAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 2:2186980‑M2/1‑113 (MQ=255) ggAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATGGGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatg > 2:2618005‑M2/1‑113 (MQ=255) 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tGTAACGCACTCCCGGAATTACATAGCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTACCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttga > 2:1329210‑M2/1‑103 (MQ=255) gTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgag > 1:2650591‑M2/1‑102 (MQ=255) tAACGCATTCCCGGAATTGCATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGTCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGGACGggtgattctggccactgactgatttcgagaatgatagtgactttgagc < 1:1333473‑M2/149‑49 (MQ=255) aaCGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCCTGCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTGGTTTATCCTGAGTACAACCCTGAACGggtgatgctgtcgacttactgcgttagtgtatgctggggcttttgagct < 1:1152668‑M2/149‑50 (MQ=255) tgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcagtaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCAtcttct < 1:1686870‑M2/60‑1 (MQ=255) 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ttAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgc > 2:830242‑M2/1‑39 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTAATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCCGCAAAACCAACTCCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCcac > 2:2571713‑M2/25‑149 (MQ=255) tatcaataagttggagtcattacaGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGATTATCTTTGTTGATCAGCGCTTAAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGTAGGATTCGTCcac > 1:1829216‑M2/25‑149 (MQ=255) atcaataagttggagtcattaccGTCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTCTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCcaca < 1:1634547‑M2/126‑1 (MQ=255) gCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggca < 1:1048019‑M2/149‑120 (MQ=255) ttGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaa < 2:1538497‑M2/149‑122 (MQ=255) tGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaa > 2:1510005‑M2/1‑27 (MQ=255) gttggagtcattaccGCCTGACCGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGaa < 2:1210763‑M2/134‑1 (MQ=255) tATCCTTAGTACAAGCCTGAACGgttgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgaccgggtggtgcgtaaccgcaaaagcac > 1:1395817‑M2/1‑23 (MQ=255) aTCCGGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcacc > 1:880318‑M2/1‑22 (MQ=255) tGAGTACAAGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttggtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatgagctgtccctcatgttcagctcctgacggaggggggcgtgacggcaaaagccccgcgg < 1:1773545‑M2/149‑132 (MQ=255) tcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTca < 2:466993‑M2/141‑1 (MQ=255) tcattaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTca < 2:2417356‑M2/141‑1 (MQ=255) attaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTcaca > 2:2116342‑M2/7‑149 (MQ=255) attaccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGCTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTcaca > 2:104497‑M2/7‑149 (MQ=255) taccGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAgg > 2:773252‑M2/5‑149 (MQ=255) aaGCCTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatca > 2:2229087‑M2/1‑11 (MQ=255) gcTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGTAATCTTCAAAGGTCCAg < 1:2583043/148‑1 (MQ=255) ccTGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcg < 1:217024‑M2/149‑142 (MQ=255) tGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaacggcaaaagcaccgccggacatcagcgct < 2:1674067‑M2/149‑144 (MQ=255) tGAACGggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtgctgcgtaacggcaaaagcaccgccggacctcagcgct < 2:655098‑M2/149‑144 (MQ=255) gAACGATAGCTGGGGTTACTGTTGCAATACCCTCAAAATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTGCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAg < 1:22973/149‑1 (MQ=255) | TTTTAAAGAAGATATTCCGGCCTGTTCAATATGCAAGGAAGTACGATGTAACGCATTCCCGGAATTACATATCTTTCTTAATTTTGTCCCATTCGCCTTTAACTTTATCTTTAAAGTTGGCTTGTTTATCCTGAGTACAAGCCTGAACGATAGCTGGGGTTACGGTTGCAATACCCTGAACATCTAAAACCGCATCTTCTGGTTTATCTTTGTTGTTCAGCGCTTCAGCAAAACCAACTGCAGTTGGCTGGAAGGATTCGTCCACAGCCAGGAAATCTTCACAGGTCCAGGAGT > CP009273/3649704‑3649997 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |