| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,579,392 | T→A | H101Q (CAT→CAA) | narQ → | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,579,392 | 0 | T | A | 98.9% | 292.9 / NA | 93 | H101Q (CAT→CAA) | narQ | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with NarP (NarL) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (45/47); minor base C (1/0); total (46/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AGTTACCGCCTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCATCTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGG > CP009273/2579246‑2579537 | agTTACCGCCTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCCAGGTCCGGCATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACt < 1:1061280/149‑1 (MQ=255) aCCGCCTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAAt < 1:649807/149‑1 (MQ=255) cGCCTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGc > 1:512568/1‑149 (MQ=255) ccagggCTACGACTTGCAAAGGGGCAGTGCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCa < 1:27325/146‑1 (MQ=255) cTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCCCCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCa > 2:1007279/1‑148 (MQ=255) cTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCaa < 1:248477/149‑1 (MQ=255) cTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAActggc < 1:972958/149‑1 (MQ=255) cGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAActggctg > 2:550129/1‑148 (MQ=255) cGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAActggctg < 2:853356/148‑1 (MQ=255) cGACTTGCAAAGCGGCAGGTCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTCACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAActggctg < 2:281302/148‑1 (MQ=255) gACTTGCAAAGTGGCAGTGCCCAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGga < 1:876416/149‑1 (MQ=255) gACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTAAGCACGCACTGCAAGCACGGGCATTAACCAACCCCAACGTCTGGCATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAAcaggccga > 2:268000/1‑145 (MQ=255) ttGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGAt > 1:720025/1‑149 (MQ=255) ttGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGAt > 1:1338416/1‑149 (MQ=255) ttGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGAt > 1:290427/1‑149 (MQ=255) gCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATg > 2:200750/1‑148 (MQ=255) cAAAGCGGCAGTCCACAACGCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACCGAATGCCAACTGGCTGGAGATGa < 2:848516/148‑1 (MQ=255) tCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCa > 1:979362/1‑149 (MQ=255) 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caACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCa > 2:369307/1‑148 (MQ=255) aaCTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGT‑AAACTTCTGTGTCGCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAg > 1:935949/1‑149 (MQ=255) cgcAACGCACCTCGCCAGTCATTTACGTAGGCACTCCATTACCCGGTATGAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGGATGCCAACTGACTTGAGATGAATAATCGTCTCAGCAAgg < 2:274624/146‑1 (MQ=255) cTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAGCTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAACCGGCTCAGCAAgg > 2:133840/1‑148 (MQ=255) tgaaTGCACATCGCCAGGTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTATCCAACCTCACCGTCTGGTATGGGCCAGAAGCAGTAAATACGCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCACCTGCCTGGAGATGAATAATCGGCTCTGCAAggg < 2:23582/146‑1 (MQ=255) 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ggCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATta < 1:258233/149‑1 (MQ=255) gCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTGGGCTGCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATtaa < 1:379201/149‑1 (MQ=255) cACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATtaat > 1:1197688/1‑149 (MQ=255) agctgaTTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTCT‑GCGCACCTGAATGCCAACTGGCTGGAAATGAAAAATCGGCTCACCAAGGGCGAGTTGCCGTGGTAACCGGCCAATAGtaat > 2:145165/6‑148 (MQ=255) aCTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGCTGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATtaat < 2:663576/148‑1 (MQ=255) 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caaccTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATTAGATAGAcc > 1:299858/1‑149 (MQ=255) caaccTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGAcc > 1:298755/1‑149 (MQ=255) aaccTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATAGTGATAAATATGTTAATCAGATAGACCt > 1:1226287/1‑149 (MQ=255) aaccTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GAGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGCCTCAGCAGGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATACTTCTGTTAAtgtgatgaacc > 2:748209/1‑138 (MQ=255) cTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGtt < 1:684817/149‑1 (MQ=255) 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gCAGTAAACACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGACTAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATCTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACg < 2:952244/148‑1 (MQ=255) tAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGa > 2:193193/1‑148 (MQ=255) tAAAAACTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAAACAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACAGTGaa > 1:246767/1‑149 (MQ=255) aaaaaCTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAAc < 1:77200/149‑1 (MQ=255) aaCTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCTAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTCCTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCa < 1:825593/149‑1 (MQ=255) aCTCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTAAACGCaa > 1:584267/1‑149 (MQ=255) tCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCCATATTAATAATTATGTTAATAATATAGAACTGTTCTCAGTGGCTTGTCAGCACTACGCTGAAC‑Caaaa > 2:439695/1‑148 (MQ=255) tCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCaaaa > 1:711687/1‑149 (MQ=255) tCGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCaaaa < 1:4786/149‑1 (MQ=255) tCGCTAT‑GCGCAACAGAATGCCAACTGGCTGGACATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAAAATTAATAATTATGATAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCaaaa < 1:834310/149‑1 (MQ=255) cGCTAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCGGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAAt < 1:1188492/149‑1 (MQ=255) tAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAGGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTCCGCTGAACGCACAAtgc > 2:241496/1‑148 (MQ=255) tAT‑GCGCAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAAtgct > 1:1257240/1‑149 (MQ=255) cgcAACTGAATGCCAACTGGCGGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATACTTATGTTAATCAGATACACCTGTTCGTGCTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATgctgct < 2:357200/148‑1 (MQ=255) gcAACTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCAATTTGCCGTGGTATCAGGCCCATATTAATAATTATGTTAATCGGGTAGACCTCTTCGTCCTGGCTTTCCAGAACGACGCTGAACGCAAAATGCTGCggg > 1:961105/1‑149 (MQ=255) | AGTTACCGCCTGGGCTACGACTTGCAAAGTGGCAGTCCACAACTCAATGCACATCGCCAGTTATTTCAGCAGGCACTGCATTCACCGGTATTAACCAACCTCAACGTCTGGTATGTGCCAGAAGCAGTAAAAACTCGCTAT‑GCGCATCTGAATGCCAACTGGCTGGAGATGAATAATCGGCTCAGCAAGGGCGATTTGCCGTGGTATCAGGCCAATATTAATAATTATGTTAATCAGATAGACCTGTTCGTACTGGCTTTACAGCACTACGCTGAACGCAAAATGCTGCTGG > CP009273/2579246‑2579537 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |