| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 4,133,470 | C→T | A338V (GCG→GTG) | frwC → | putative enzyme IIC component of PTS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 4,133,470 | 0 | C | T | 94.9% | 274.6 / NA | 101 | A338V (GCG→GTG) | frwC | putative enzyme IIC component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base T (51/42); minor base G (3/2); total (56/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCA > CP009273/4133326‑4133614 | cggcgCTGGTCGGTGCGCAGTGCGATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCCGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGt > 1:1314887/1‑149 (MQ=255) gcTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTaaaa > 1:1552235/1‑149 (MQ=255) gTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATgg < 1:1650510/149‑1 (MQ=255) cGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGt < 2:1349375/149‑1 (MQ=255) gTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGCCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCGGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCt < 1:975979/149‑1 (MQ=255) tGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATAGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCtt > 1:1283038/1‑149 (MQ=255) tGCGCAGTGCTATGCAGGCGGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCAGTCGGAGCAGTGGTGTCGGCTGTTTGTGTGAACGTGCGGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGGCtt > 1:1790818/1‑149 (MQ=255) gcgcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTc < 2:1699788/149‑1 (MQ=255) gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGGAAAAATGGGGCTTCGa > 1:409139/1‑149 (MQ=255) gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAATGGCTGTCGTAGCAGTGGTGACGGCTGTTGTTGTGAACTTGCGGAAATGGCTTTGGCGGAAATATGGGtttggga > 1:918442/1‑143 (MQ=255) gcAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGATCTGCTTGTGATGCCGGTGGTTGAAGGCAGGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGGACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAATAATGGGTCTTCGa > 1:1109005/1‑149 (MQ=255) cAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGGTTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAACTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGAc > 1:1398815/1‑149 (MQ=255) aGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACt > 1:1997844/1‑149 (MQ=255) tGCTATGCAGGCTGGGGTGCGCTGATTGTGCTGCCGGTGGTCGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTAGGAGCAGTGGTTACGGCGGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACtga < 2:398077/149‑1 (MQ=255) cTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGGGCGTAAAAATGGGTCTTCGACtgatg > 1:665326/1‑149 (MQ=255) tATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGGGCGTAAAAATGGGTCTTCGACtgatga > 1:833499/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGCTGGGTTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGaa < 1:136481/149‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGAGGaaaa > 2:1510215/1‑149 (MQ=255) aGGCTGGGGTGGTGTGAGTGGGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACTGCTGGTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAaag < 1:386552/149‑1 (MQ=255) tGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGCCTGATGAAAAagaaga > 2:710405/1‑149 (MQ=255) tGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAGAAagaaga > 2:1366390/1‑149 (MQ=255) ggtCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCt > 1:1331053/1‑149 (MQ=255) gtCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACGGATGAAAAAGAAGGCGACCtg > 2:58796/1‑149 (MQ=255) tCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtgg > 1:853161/1‑149 (MQ=255) gATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatt > 2:1857422/1‑149 (MQ=255) aTTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCgggagtt > 1:1077944/1‑149 (MQ=255) ttGTGCGGGCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatttg < 2:930223/149‑1 (MQ=255) gtgCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCGTGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGGGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatttgga < 1:524258/149‑1 (MQ=255) gggctgcCGGTGGTTGAAGGCAAGGTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGCCGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCtggatttgga < 2:1343323/147‑1 (MQ=255) ggcCGGGGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGGCGGAGCAGTGGTGGCGGGTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTACAAATGGGTCTGCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGAtttt < 1:1368228/148‑1 (MQ=255) gcCGGTGGTTGAAGGCAAGCTTGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTg < 1:752276/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGaa > 1:1092878/1‑149 (MQ=255) ggtggtTGACGGCACGTTGAGAAAAAAAGCAGAATTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCATCGACTGACGAAAAAGACGACGACCTGGATTTGGCTTTTGaaa > 2:142493/1‑149 (MQ=255) ggtggtTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGTCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGaaa > 1:891937/1‑149 (MQ=255) ggtggtTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCATATCATTGGCTGTTGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGaaa < 2:1687659/149‑1 (MQ=255) ggtTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaatta < 1:425852/149‑1 (MQ=255) aaGGGAAGCTGGGTTATAGCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGGCGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaattaattaa < 1:390679/149‑1 (MQ=255) aaGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGAATTTGAacttaattaa > 1:1614683/1‑149 (MQ=255) aGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAaattaattaat > 2:97828/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGAGTTGGATGTTGAaattaattaatt > 2:570393/1‑149 (MQ=255) ggCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGAGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGGCTGGTGCGTAAAAATGGGTCGTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGACCTGGAGTTTGAaagtaattaatt > 2:715545/1‑149 (MQ=255) gCAAGTTGGGTTATATCGCAGCAGGGGATGTCGGATCAGTTGTTACGACTGTTAGAGTGAACGTGATCAAAAAACTGAAGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTg < 1:134224/149‑1 (MQ=255) aaGCTGGGTTATGTCGCCGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAg < 1:285828/149‑1 (MQ=255) aaGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAg < 1:1102273/149‑1 (MQ=255) 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ttATATCGGAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGc > 1:1465109/1‑149 (MQ=255) ttATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGc < 2:1644928/149‑1 (MQ=255) atataTCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGc > 2:881039/2‑149 (MQ=255) tatCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCAt > 1:569461/1‑149 (MQ=255) atCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGGGTAAAAATGGGACTTCGACTGATGAAAAAGGAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCAATg > 2:695576/1‑149 (MQ=255) 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tgAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGccc < 2:775540/149‑1 (MQ=255) tgAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGccc > 1:192187/1‑149 (MQ=255) gAACGTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGGGTTGCCCa > 2:1815998/1‑149 (MQ=255) cGTGGTGAAAAGCCTGGGGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAAGTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATAc < 1:139244/149‑1 (MQ=255) gTGCTGAAAAGTCTGGTGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATAcc > 1:1677126/1‑149 (MQ=255) 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cTGGTGCGTAAAGATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGACGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAATGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAGCCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGgcagca < 2:735868/149‑1 (MQ=255) | CGGCGCTGGTCGGTGCGCAGTGCTATGCAGGCTGGGGTGGTCTGATTGTGCTGCCGGTGGTTGAAGGCAAGCTGGGTTATATCGCAGCAGTGGCTGTCGGAGCAGTGGTGACGGCTGTTTGTGTGAACGTGCTGAAAAGTCTGGCGCGTAAAAATGGGTCTTCGACTGATGAAAAAGAAGACGACCTGGATTTGGATTTTGAAATTAATTAATTGAGGAACGAGCCATGACGAAAATTATTGCAGTAACCGCATGTCCTTCAGGTGTTGCCCATACCTATATGGCAGCA > CP009273/4133326‑4133614 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |