| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 287112 | NA (NA) | 10 (0.490) | 8/278 | NT | 62.5% | noncoding (1/768 nt) | IS1 | repeat region |
| ? | CP009273 | = 1973068 | 6 (0.290) | intergenic (‑614/‑166) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
TTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTT > CP009273/1972937‑1973196 | tttttAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCACCTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGAGGAGAATCAGTACACTATTTTGTtgtggtggtgccaactta < 1:203503‑M2/150‑19 (MQ=255) ttttAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgatgccaacttac < 2:342863‑M2/150‑20 (MQ=255) tttAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACAATATTTTTTcttgatgctgccaacttact > 1:167722‑M2/1‑130 (MQ=255) ggaccgaagtcgctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcggggcgctgctggacataaaacactaccaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGtgat > 2:171875‑M1/103‑150 (MQ=255) aaataaatACAAAGAAAAGCAACAATCAGCTTAATGTTAATGAAAGGTCTTACACATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:14215‑M2/1‑100 (MQ=255) aaTTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 2:139324‑M2/1‑100 (MQ=255) aaTTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAACGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtg > 1:19196‑M2/1‑100 (MQ=255) ctgtcgttctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGAGCACAGGGATGGCTTGATTCATTATc < 1:231833‑M1/60‑1 (MQ=255) aTTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATc < 2:311162/150‑1 (MQ=255) ctcaaaatcggtggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACtaa < 2:166562‑M1/68‑1 (MQ=255) tggagctgcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTa > 2:257473‑M1/72‑150 (MQ=255) gcatgacaaagtcatcgggcattatctgaacataaaacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTa > 1:40990‑M1/65‑150 (MQ=255) gAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttca < 2:37850‑M2/150‑92 (MQ=255) gAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGGGGGGTATAGTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAg > 2:351772/1‑150 (MQ=255) tGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGAGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTACCTTAACAAATGATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTgg > 2:187049/1‑150 (MQ=255) cATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacgg < 2:200299‑M2/150‑103 (MQ=255) aacactatcaataagttggagtcattaccCTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTcc > 2:176784‑M1/30‑150 (MQ=255) cACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgccggggtggtgcgta < 1:179504‑M2/150‑114 (MQ=255) cTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTACTATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCAtt > 1:352278/1‑150 (MQ=255) gTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTggtgatgctgccaacttactgatttagtgtatgatggtgtttttgaggtgctccagtggcttctgtttctatcagctgtccctcctgttcagctactgacggggtggtgcgtaccggc < 1:139721‑M2/150‑119 (MQ=255) ttAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAg > 2:33666/1‑150 (MQ=255) gagaATCCGTACACTTTTTTCTTATAATTACATTTGAACTTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTAATAGTAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGCCCGAGTTGTGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCtt < 1:300121/150‑1 (MQ=255) | TTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTTATAATTACATTTGAAATTATATGATCACCGGGAGTGATTGATTAATTATCTTTACTAATAATCAGACTAATATTTACCTGTTTGACCGAGTTGGGATTGCGTCGTTTCTCCATTAGGAGTAAAGCTT > CP009273/1972937‑1973196 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |