| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,833,676 | T→C | 16.0% | L265P (CTG→CCG) | ascF → | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,833,676 | 0 | T | C | 16.0% | 50.5 / 5.2 | 25 | L265P (CTG→CCG) | ascF | fused cellobiose/arbutin/salicin‑specific PTS enzymes: IIB component/IC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/12); new base C (2/2); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.61e-02 | |||||||||||
GAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTA > CP009273/2833527‑2833822 | gAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACATGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAACCCAATGCTGATTGTGTTGATTGCGCCCCCGCTGACAATCct > 1:312558/1‑150 (MQ=255) cgacacGGTGACCCCCGCGCGTGTGATGACCCGGTGCCGGTCATATCTCGAACACTGCGTGGACAGCATAACCACGGCGGCGACTAAAAACTTCTTCAAACCAATGCTGATTGTGTCACTTGCCGCACCGCTGGCAAACCTGCTGATTgg < 1:176863/148‑1 (MQ=255) cTACCCGGTCATCCCGGCTCTGGTGATGACCTGGTGCCACGCATATAGCGAACGCGCGGTTGACATCATTACACCGGCGGTTACCAAAAACTGCCTCCAACCACTGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCGGGCAATCCTGCTGATTgg < 1:176744/150‑1 (MQ=255) acacGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGcc < 1:259209/150‑1 (MQ=255) cccGGCGCTGGTGTTGACCTGGTGACCAACATAAATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCGGATTGGCCCGATTGGTAt > 1:346604/1‑150 (MQ=255) cTGGTGACGACCTGGTGCCTGTCCTATATCGAACGCTGGGTGGACCGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATc < 2:182589/150‑1 (MQ=255) tgatgaCCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCCGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTa > 2:349615/1‑150 (MQ=255) tgatgaCCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCCGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTa > 2:169395/1‑150 (MQ=255) tCATATATCGAACGCTGGGTGGACATCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGATACCGCCATTTCGGCGCTg < 2:263813/150‑1 (MQ=255) gAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACAcc > 1:173136/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCa > 2:22132/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCCGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCa < 1:169395/150‑1 (MQ=255) cTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCCGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCa < 1:349615/150‑1 (MQ=255) ggTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATgg < 1:323523/150‑1 (MQ=255) cacCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGggctggc > 2:326885/1‑150 (MQ=255) acCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGggctggct < 1:173166/150‑1 (MQ=255) ccAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGCTTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCa > 2:202598/1‑150 (MQ=255) tCCCCAAACCCATGCTGATTGTGTTGATCGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGgcg < 2:26475/150‑1 (MQ=255) 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tGCCGTACCGGTGGCATTCCTGCTTGTTTGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATTGTTATCTGGGCTGGGTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCgg < 1:10205/150‑1 (MQ=255) aTCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCttt < 1:22132/150‑1 (MQ=255) tCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACAGATGTCAGGGTTACACGGACGAATTTTCAGTCGCCCTTATGGGCGCGCTGGACCCTCGGCTGGGAATGGCCGGGATGCACCGCGTCTTTa > 2:353716/1‑150 (MQ=255) | GAAATACACCTACACGGTGATCCCGGCGCTGGTGATGACCTGGTGCCTGTCATATATCGAACGCTGGGTGGACAGCATTACACCGGCGGTGACCAAAAACTTCCTCAAACCAATGCTGATTGTGTTGATTGCCGCACCGCTGGCAATCCTGCTGATTGGCCCGATTGGTATCTGGATCGGTAGCGCCATTTCGGCGCTGGTTTACACCATTCATGGTTATCTGGGCTGGCTTTCAGTCGCCATTATGGGCGCGCTGTGGCCTCTGCTGGTAATGACCGGGATGCACCGCGTCTTTA > CP009273/2833527‑2833822 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |