New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | CP009273 | 2223931 = | 53 (0.890) | 6 (0.110) | 5/270 | 7.7 | 10.9% | intergenic (‑67/‑172) | dusC/yohJ | tRNA‑dihydrouridine synthase C/UPF0299 family inner membrane protein |
? | CP009273 | 2223961 = | 49 (0.890) | intergenic (‑97/‑142) | dusC/yohJ | tRNA‑dihydrouridine synthase C/UPF0299 family inner membrane protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGTTGATTATGA > CP009273/2223816‑2224106 | gCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCGAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTAt > 2:217195/1‑149 (MQ=255) cAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTa > 1:488626/1‑144 (MQ=255) agggagTCGAGCCGTCCCTGCATCGGTGCCAATAACACGCGGATATCATAAACAGAAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTAt < 1:44211/141‑1 (MQ=255) agagagTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCACAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTAt > 1:322610/1‑144 (MQ=255) gccccccctccATCGGTGCCAGTAACACCCGCATATCAGCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCt < 2:461527/144‑1 (MQ=255) gCACTCCCTCCATCGGGGCCAGTAACACACGCCTCGCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCt < 2:301703/149‑1 (MQ=255) tccATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGCTGTATGccccaa > 1:100174/1‑140 (MQ=255) ccATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAACAGCGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGt < 1:4029/144‑1 (MQ=255) cGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCGCCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTgcgc < 2:264711/149‑1 (MQ=255) cAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTCTGTCTGAGTTCGCTGCGCATTGCg > 2:281379/1‑149 (MQ=255) cAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCa < 1:371538/144‑1 (MQ=255) aGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGt > 2:180922/1‑149 (MQ=255) aaCACACGCATATCATCACCCGCAAAAATATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGc < 1:398954/144‑1 (MQ=255) cacacGCATATCATCACCCGCAGAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGt < 1:590278/144‑1 (MQ=255) cacGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCg < 2:585878/149‑1 (MQ=255) cGCATATCATCACCCGGAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCggg < 2:471880/149‑1 (MQ=255) tatCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGc < 2:134502/149‑1 (MQ=255) atcaACAGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAg < 1:117833/144‑1 (MQ=255) caCCCGTAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCg < 1:820676/144‑1 (MQ=255) ccGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGACCGAAAAAATa > 2:784647/1‑149 (MQ=255) aaaaaTGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATacacgcg > 2:868476/1‑143 (MQ=255) aaaaaTGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCt > 2:603733/1‑149 (MQ=255) aaaaaTGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCt > 2:542786/1‑149 (MQ=255) tGAGGCGCTCTGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAGGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCt > 1:445982/1‑144 (MQ=255) taGGCGCTAACATAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGAGCTg > 1:528879/2‑144 (MQ=255) cgcTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTaa < 2:320319/149‑1 (MQ=255) aGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCgg < 2:357729/149‑1 (MQ=255) ccTATGGTCCGCTGATTAAAGTTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCCATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCTCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGc < 2:336353/149‑1 (MQ=255) ggTCAGCGGATTAACGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGtt < 2:661650/149‑1 (MQ=255) gcacgcagATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGttt < 2:954439/142‑1 (MQ=255) gTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGCTTTCTTAATGTGCTCGGTAGCCCGgtt > 2:182108/1‑149 (MQ=255) gTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGttt > 2:956888/1‑149 (MQ=255) cAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTa < 2:324250/149‑1 (MQ=255) gCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCCTGATGGATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGtt < 1:807420/144‑1 (MQ=255) aaaGGTCTGCACAGAGGGATTGCTGCAAACACCAATCCATTTGGATGCTTGATGTATGCCTGAGATCGCCGAGGATTGCTTAATTTCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGaa < 1:382511/144‑1 (MQ=255) aaGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGaattaatt < 2:596007/149‑1 (MQ=255) aaGGTATGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGaattaatt < 2:227379/149‑1 (MQ=255) atgTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTCGCCCGTTTTATGaatt > 1:394420/3‑144 (MQ=255) aGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGAAGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAAGAAGCGCTCATGTCTTAATGTGAGCGGTAGCACGTTTTACGaatt > 1:449559/1‑144 (MQ=255) ggTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTTCGTAATGCCGGGGAGCCAAAAAAAAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGactta > 1:859460/1‑144 (MQ=255) gTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGCATTAATTGTa > 2:259834/1‑149 (MQ=255) gTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGtc > 2:259676/1‑148 (MQ=255) tCTGGAAAGAGGGATTGCCGCAAACTCCAATGCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGAATGGCGTAATGCCGTTTACCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTat < 2:756625/149‑1 (MQ=255) cAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGGTTTACGAATTAATTGTa > 1:743019/1‑144 (MQ=255) ggtgtgctgcAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTGGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAACAATAAGCGCTGATTTCTTTTGTTTATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCcat < 2:502095/145‑1 (MQ=255) ggATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCcat > 2:609306/1‑149 (MQ=255) atggctgcAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCcatct < 2:852314/146‑1 (MQ=255) tgccgcAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCca < 1:843420/144‑1 (MQ=255) gcAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATAAATTGTATGATGAATCcatccc > 1:178875/1‑142 (MQ=255) gCAATCCCTCTTTATTCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTggg < 1:461605/144‑1 (MQ=255) gCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGtt > 2:714136/1‑149 (MQ=255) agcccTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCAGCTGGGgtg < 1:363635/142‑1 (MQ=255) accccTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGgtg < 1:544577/142‑1 (MQ=255) tCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGgtgt > 1:869789/1‑144 (MQ=255) cccTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGGTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTCGCACGTTATAAGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGCGGTTGATTa > 2:763334/1‑149 (MQ=255) ctctctATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGTTCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGTTGa < 1:805484/144‑1 (MQ=255) ctctctATGCTTGATGTATGCCTCAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGTTGATTATg > 2:544144/1‑149 (MQ=255) tctctATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCCGCGCATCGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGCTTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGTTGATTATGa < 2:301016/149‑1 (MQ=255) | GCACCAGAGAGTCAAGCACTCCCTCCATCGGTGCCAGTAACACACGCATATCATCACCCGCAAAAAAATGAGGCGCTATGTTAGCGCCTATGGTCAGCGGATTAAAGGTCTGCAAAGAGGGATTGCTGCAAACTGCAATCCCTCTCTATGCTTGATGTATGCCTGAGTTCGCTGCGCATTGCGTAATGCCGGGGAGCGAAAAAATAAGCGCTGATTTCTTAATGTGATCGGTAGCACGTTTTACGAATTAATTGTATGATGAATCCATCTCATCTGGGGTGTTGATTATGA > CP009273/2223816‑2224106 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |