| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 376716 = | NA (NA) | 124 (1.430) | 83/290 | 0.0 | 98.4% | intergenic (‑1/‑91) | yaiX/insC1 | pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase/IS2 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | 559695 = | 2 (0.020) | coding (242/633 nt) | sfmZ | response regulator family protein | |||||
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TTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAATCATCCGTTTTCAG > CP009273/559547‑559840 | gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccactgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgactggagattcagggggccagtctaa > 1:908796‑M2/149‑149 (MQ=255)gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcggtgggccagtctaa > 1:13188‑M2/149‑149 (MQ=255)gatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaa > 1:1374415‑M2/149‑149 (MQ=255) tcttttcctgtgtggtacgccgtgtgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAac > 1:821882‑M2/147‑149 (MQ=255) tcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattgtttgtctggagcttcagggggccagtctaAac > 1:26803‑M2/147‑149 (MQ=255) tcttttcctgggtggtccgccttctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttcgccaatgactagtctaaaaactcgtactaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAac < 1:523281‑M2/3‑1 (MQ=255) ttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttggctggagattcagggggccagtctaAgcac > 1:39043‑M2/145‑149 (MQ=255) tcctgggtggtacggccgctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgtgctccaatgactagtctaaaaactagtattaggactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaaa < 2:900267‑M2/2‑1 (MQ=255) tcctgggtgggtcgccgtcggcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaaa < 2:1290709‑M2/2‑1 (MQ=255) tcccgtgtggcacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaaa < 2:925322‑M2/2‑1 (MQ=255) cctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAac > 2:668702‑M2/141‑143 (MQ=255) aaCGTGTATCCGGGGAGGATCATCGGAACGGCTTGAAAAATATCATCCAGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGGTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgc > 1:1337776‑M2/1‑141 (MQ=255) tATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctat > 1:980968‑M2/1‑135 (MQ=255) tATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGACAAAACTAACACTggatttgc < 2:620406‑M2/143‑9 (MQ=255) ccgactgcgtttccccggccctaagacatcagacatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGa < 1:1087569‑M2/22‑1 (MQ=255) ggAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttc < 1:557655‑M2/149‑20 (MQ=255) ctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacctatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTg < 2:230342‑M2/20‑1 (MQ=255) agaatatcatcagaacGGCATGAAAAATATCACTCTGAACATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttcca > 1:1134567‑M2/6‑128 (MQ=255) gATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGAATTCTGATTTCGCTGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttc < 2:671958‑M2/143‑20 (MQ=255) atcatcTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggttttgcccctatctttcc < 2:464438‑M2/143‑21 (MQ=255) atcatcTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTAATGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatgtgcccctatatttccagacat < 1:1040997‑M2/149‑27 (MQ=255) tctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGAtttgt > 2:1381699‑M2/117‑143 (MQ=255) tcatcTGAACGGCATGAACCACGTCGTTCTGATCATTGCATTTCCTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttcca > 2:1260529‑M2/1‑122 (MQ=255) ctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATcc > 1:1001631‑M2/116‑149 (MQ=255) cTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTTTCTGAGAAAAAAAAGACTgggtttgaccctatatttccagacatctttc < 1:345653‑M2/149‑32 (MQ=255) tGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagccat < 2:1289821‑M2/143‑27 (MQ=255) aaCGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatct < 2:1164546‑M2/143‑29 (MQ=255) aCGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTTCTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:34843‑M2/1‑114 (MQ=255) aCGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatca > 1:1148423‑M2/1‑114 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctcgttgccccggtcgagaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaATCACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCttt < 2:969242‑M2/37‑1 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCGCTGGATTTGTTTGATCCttt > 2:1329670‑M2/107‑143 (MQ=255) gCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactt > 1:122310‑M2/1‑111 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGGAGGt > 1:624286‑M2/103‑149 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGa > 2:402796‑M2/101‑143 (MQ=255) aaaTATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcactta < 2:1119324‑M2/143‑40 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACTCTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGt < 1:1410131‑M2/55‑1 (MQ=255) tCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCGCACATGAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:953595‑M2/149‑55 (MQ=255) cTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 2:419686‑M2/143‑50 (MQ=255) gATCATTGCATTTACTGACAAAACCCTGAGCACCAGCTTGTAGCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:40007‑M2/1‑92 (MQ=255) tccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCNg > 2:1250533‑M2/86‑143 (MQ=255) gcctagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgagattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCgg < 2:339153‑M2/64‑1 (MQ=255) gactaggctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCgg < 2:1262789‑M2/64‑1 (MQ=255) cATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAACAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatctttccagacatctgttatcacttaacccattaaaagcccgcgcc < 2:313613‑M2/143‑60 (MQ=255) aTTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcccttaacccattacaagcccgctgcc < 2:1002846‑M2/143‑61 (MQ=255) aTTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat < 1:867733‑M2/149‑67 (MQ=255) aTTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat < 1:1334409‑M2/149‑67 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcccttgcctatgtggtattggttgtctggagattcatggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGt > 2:981150‑M2/74‑143 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGt < 2:650419‑M2/70‑1 (MQ=255) 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tCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgc < 1:321334‑M2/149‑123 (MQ=255) cTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgct > 1:1364343‑M2/1‑26 (MQ=255) ttcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATaa > 1:1341152‑M2/18‑149 (MQ=255) tcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGc > 2:19949‑M2/17‑143 (MQ=255) tcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAat < 1:1483979‑M2/133‑1 (MQ=255) 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tataAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACAGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGTCGGGTTCGAAGATAATCGAGGGTTATGCgataatcaacag > 2:133714‑M2/5‑139 (MQ=255) ctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAATCATCCGTTTTCAg < 1:440944‑M2/146‑1 (MQ=255) | TTCGCTGGGAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAATCATCCGTTTTCAG > CP009273/559547‑559840 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |