| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 378045 | NA (NA) | 106 (1.230) | 79/288 | 0.0 | 99.1% | intergenic (+10/+2) | insD1/yaiX | IS2 transposase TnpB/pseudogene, interrupted by IS2A, acetyltransferase homolog; nonfunctional; interruped by IS2; putative transferase |
| ? | CP009273 | = 559700 | 1 (0.010) | coding (237/633 nt) | sfmZ | response regulator family protein | |||||
Only 100 of 223 total aligned reads displayed.
GAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAATCATCCGTTTTCAGGACAATCT > CP009273/559555‑559848 | gAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTgga < 1:1068832‑M2/149‑4 (MQ=255) aaaaaaCGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCAGAAAAGCAGTCTGATTGCGATGATAAAAATAACACTggat < 1:1338101‑M2/149‑5 (MQ=255) tgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatcttggttgtctggagattcagggggccagtctaAAAACtt > 2:971743‑M2/137‑143 (MQ=255) aaaCGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTg > 2:1170393‑M2/1‑142 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTc > 2:1375165‑M2/135‑143 (MQ=255) tggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACCTTCACtgtg > 1:515558‑M2/135‑149 (MQ=255) gtgtATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccc < 1:292347‑M2/149‑12 (MQ=255) tATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctat > 1:980968‑M2/1‑135 (MQ=255) tATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGACAAAACTAACACTggatttgc < 2:620406‑M2/143‑9 (MQ=255) tCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgccc > 2:1278259‑M2/1‑133 (MQ=255) cgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGAtttgttt > 1:1223479‑M2/121‑149 (MQ=255) gATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttc < 2:324670‑M2/143‑20 (MQ=255) gATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGAATTCTGATTTCGCTGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttc < 2:671958‑M2/143‑20 (MQ=255) atcatcTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggttttgcccctatctttcc < 2:464438‑M2/143‑21 (MQ=255) atcatcTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTAATGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatgtgcccctatatttccagacat < 1:1040997‑M2/149‑27 (MQ=255) ctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATcc > 1:1001631‑M2/116‑149 (MQ=255) cTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTTTCTGAGAAAAAAAAGACTgggtttgaccctatatttccagacatctttc < 1:345653‑M2/149‑32 (MQ=255) gccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaaatagtattaagtctatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATc < 2:1262522‑M2/33‑1 (MQ=255) ccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCa < 1:1214747‑M2/40‑1 (MQ=255) taagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCGCTGGATTTGTTTGATCCttt > 2:1329670‑M2/107‑143 (MQ=255) agacagcaatcatctgttctccaatgacgagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTc < 2:146178‑M2/39‑1 (MQ=255) acatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGGAGGt > 1:624286‑M2/103‑149 (MQ=255) gAAAAATATCATTCTGATCATTGCCTTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacc > 1:807945‑M2/1‑107 (MQ=255) atcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGa > 2:402796‑M2/101‑143 (MQ=255) catctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACTCTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGt < 1:1410131‑M2/55‑1 (MQ=255) atctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTaaa > 2:1247081‑M2/94‑143 (MQ=255) tCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCGCACATGAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagccc < 1:953595‑M2/149‑55 (MQ=255) cTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttcccgacatctgttatcacttaacccattacaagcccg < 1:1386794‑M2/149‑56 (MQ=255) cTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattaca < 2:419686‑M2/143‑50 (MQ=255) tctccaatgactagtctaaaaacttgtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcaggtggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTc < 2:69637‑M2/56‑1 (MQ=255) ttccaatgactagtctaacaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtcttAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCt < 2:792896‑M2/57‑1 (MQ=255) gATCATTGCATTTACTGACAAAACCCTGAGCACCAGCTTGTAGCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgct > 1:40007‑M2/1‑92 (MQ=255) caatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGtt > 2:1210718‑M2/84‑143 (MQ=255) atgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCaa < 1:1255300‑M2/68‑1 (MQ=255) cATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAACAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatctttccagacatctgttatcacttaacccattaaaagcccgcgcc < 2:313613‑M2/143‑60 (MQ=255) actagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCggg > 2:1290391‑M2/79‑143 (MQ=255) aTTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagat < 1:1334409‑M2/149‑67 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGt < 2:650419‑M2/70‑1 (MQ=255) tctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCAGTTGATGTTTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTatat > 1:1467433‑M2/74‑149 (MQ=255) ctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATc > 1:699255‑M2/73‑149 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATcc > 1:382788‑M2/72‑149 (MQ=255) taaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATcc > 1:1143488‑M2/72‑149 (MQ=255) aaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAGGGTAGAACCGTCTGTTCCGGGCAGGTCTATATCCa > 1:7315‑M2/71‑149 (MQ=255) aaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCtat > 2:574581‑M2/70‑143 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGTCAAGTCTATTTCCATa > 1:52681‑M2/69‑149 (MQ=255) aaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCACGTCtata > 2:101388‑M2/69‑143 (MQ=255) tattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagatacggggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTCGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGCTTa > 1:643185‑M2/62‑149 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTGCGATGGACTTTTGCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTaaa > 1:1018371‑M2/60‑149 (MQ=255) ttaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTaaa < 1:243191‑M2/90‑1 (MQ=255) 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tggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccataacnagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgccctatgcggatgccattngttataatgctcgaacgcctctcgcaggtn < 2:994872‑M2/143‑143 (MQ=255) | GAAAAAACGTGTATCCGGAGAGGATCATCTGAACGGCATGAAAAATATCATTCTGATCATTGCATTTACTGACAAAACCGTTAGCACCAGCTTGTATCGCTCTGCCAGCATAAAAGCATTCTGATTTCGATGATAAAAATAACACTTTCACTGTGCTCTGGATTTGTTTGATCCTTTTCAGGAAGGTAAAACCGTCTGTTCCGGGCAAGTCTATATCCATAATGATTAAATCAACAGGACGGGTTCGGAGATAATCGATGGTTATGCGATAATCATCCGTTTTCAGGACAATCT > CP009273/559555‑559848 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |