| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 1973068 | 3 (0.030) | 96 (0.830) | 68/296 | 0.9 | 97.0% | intergenic (‑614/‑166) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein |
| ? | CP009273 | 3576788 = | NA (NA) | intergenic (+10/‑55) | yrhA/insA | pseudogene, interrupted by IS1E/IS1 repressor TnpA | |||||
AATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/1972921‑1973068‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGG > CP009273/3576788‑3576919 AATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATCCAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTG < 2:524137/149‑1AATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTG > 2:1775747/1‑149 TACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGT < 2:1840713/149‑1 CAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGAT > 1:448539/1‑149 AGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATG > 2:357158/1‑149 AAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAGATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGC < 2:1174226/149‑1 GCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTCAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGGTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCA < 2:364910/149‑1 CTATTTTTAAACAGCACCTTACCGCTCAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTACCCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAA < 2:527689/149‑1 CTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAA < 2:408732/149‑1 CTATGTTTAAACAGACACTTACCCTGCAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAA < 2:527666/149‑1 TTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTA > 1:1638658/1‑149 TTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGATTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTGCTGGTGATGCTGCCAACTTAC > 1:1167235/1‑149 TTTAAACAGACACTGACCGCACAACAAAGTGCTCAAAGACCAAGAAAGGAAACAATCAACTTAATGTTAATGAAACGTTTTACATATATTAACTACTTGTTGAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTAC > 2:1431527/1‑149 TTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCCACTTACT > 1:1047742/1‑149 TTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACT > 1:1048155/1‑149 AGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTA > 2:1379947/1‑149 ACACTTACCTCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGCTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGT < 1:1588796/149‑1 ACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGT > 2:890267/1‑149 CTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTA > 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> 2:982066/1‑149 AAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTT > 1:950907/1‑149 ACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTGTGGTGATGCTGCCTACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:1250629/149‑1 ACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:976380/149‑1 ACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGA < 2:274452/149‑1 tgAATTAAAAACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTGATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG < 2:1490298/147‑1 CTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAG < 1:1236226/149‑1 TTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACGGATTTCGTGTATGCGGGGGTTTTTGCGGTGC > 2:1644541/1‑149 gATACAAAGAAAGTCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCC > 1:1235765/2‑149 AATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAAAGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTCATTTCTGGTTATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTAAGGTGCTCC > 1:463237/1‑149 aaAAAGAAAGTCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT < 1:1619457/147‑1 ACAAAGAAAGGCACCAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTGGAGGTGCTCCAGT < 2:1388964/149‑1 ACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT < 2:1775536/149‑1 ACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGT < 1:677883/149‑1 AAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTCTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGC < 1:1176198/149‑1 AGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > 2:128621/1‑149 AGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTGTTTGAGGTGCTCCAGTGGCT > 1:602296/1‑149 GAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTT > 1:761569/1‑149 AAAGGCAAAAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTGCAGTGGCGTC < 1:1649375/149‑1 AAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAGTGTTTTACATATATTAACCACTTCTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGTTGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGATGTGCTCCAGTGGCTTCT < 1:1320348/149‑1 AGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTG < 1:333957/149‑1 gAACAATCCACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACGTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAATTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTT < 1:459239/148‑1 CAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTT > 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TTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGT > 1:1092997/1‑149 AATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCC < 1:329298/149‑1 AATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCC < 1:1398521/149‑1 TGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCT < 2:28727/149‑1 TGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCT < 1:1518440/149‑1 GTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTC < 2:1481910/149‑1 TTAATGGAATGTGTTACATCTATTAACCACTTGTTTAACGCGGAGAATGAGTACACTAGTTGCTGGTGATGCTGCCAACCTATTTATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCC < 1:1536740/149‑1 AAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCA > 1:1520160/1‑149 AATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAG < 2:1535587/149‑1 ATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGC < 1:890299/149‑1 GTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTA < 1:808095/149‑1 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< 1:43973/149‑1 ACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTACTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTCGCCCGCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC < 1:1269578/149‑1 ACCACTTGTTTAATGCGCAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGTCAACTTATTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGC < 1:1577750/149‑1 CTTTTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAA < 1:1028742/149‑1 CTTGTTTAATGCGGAGAATCGGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCACGTTGACCTACTGACGGGGTGGTGCGTga > 1:1354797/1‑147 GTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGG < 2:403690/149‑1 GTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCAGGTGATGCCGCCAACTTACTGATTAAATGTGTGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGG < 1:1778426/149‑1 AATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTCCGTAACGGCCAA > 1:505725/1‑149 ATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAA < 2:1764459/149‑1 TGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAG > 2:603474/1‑149 TGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAG < 2:1929286/149‑1 TGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGGCGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAgg > 2:1705062/1‑147 GCGGCGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGC < 2:114722/149‑1 CGGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGCGCGTAACGGCAAAAGCA > 2:1877109/1‑149 GGAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTTTTTTTTTTTATTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGCGGTGCGTACCGGCcgacgcaa > 1:1280304/1‑141 GAGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACC > 1:1209357/1‑149 AGAATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCG > 2:513035/1‑149 AATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCC > 2:1352649/1‑149 ATCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG < 2:69471/149‑1 ATCAGTACACTATTTGCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCG < 2:1694181/149‑1 TCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGG > 1:500308/1‑149 TCAGTACACTATTTTCTGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGG > 1:151403/1‑149 AATACCAGATAAGCTATTTTTAAACAGACACTTACCGCACAACAAACTAATTAAATACAAAGAAAGGCAACAATCAACTTAATGTTAATGAAATGTTTTACATATATTAACCACTTGTTTAATGCGGAGAATCAGTACACTATTTTCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/1972921‑1973068‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACCGCCGG > CP009273/3576788‑3576919 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |