| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,280,415 | A→G | 23.6% | intergenic (+31/‑370) | agaI → / → yraH | galactosamine‑6‑phosphate isomerase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,280,415 | 0 | A | G | 23.6% | 20.5 / 5.6 | 17 | intergenic (+31/‑370) | agaI/yraH | galactosamine‑6‑phosphate isomerase/putative fimbrial‑like adhesin protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (6/7); new base G (2/2); total (8/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.25e-02 | |||||||||||
ATGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATTAATA > CP009273/3280287‑3280542 | aTGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGCCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCAc < 1:115203/149‑1 (MQ=255) aTCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTatat > 1:63766/1‑149 (MQ=255) aTCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTatat > 1:63941/1‑149 (MQ=255) gTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTaa > 1:336273/1‑149 (MQ=255) aGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTggg > 1:126536/1‑149 (MQ=255) tctcTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTACTTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGAc > 2:212831/1‑143 (MQ=255) ccccTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGtt < 2:221745/140‑1 (MQ=255) ttttATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAACAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATacc > 2:18861/1‑141 (MQ=255) tATGGCTGCACAGAACTTTTCTGTGTTTAATTAACACCTCACCAGCTGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCaaa < 2:300945/143‑1 (MQ=255) tGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGGTGGCAAACggcgggaagtt > 1:282723/1‑140 (MQ=255) gCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGtt < 2:57161/143‑1 (MQ=255) gCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAGTTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGtt < 2:57327/143‑1 (MQ=255) ctAACTTTATTTTTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGtt < 2:75136/142‑1 (MQ=255) gtctaataaaCACCTAACCAGATGAAAAATTCGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGa < 1:247823/146‑1 (MQ=255) cTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACat > 2:30125/1‑143 (MQ=255) gAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGtt < 2:253585/143‑1 (MQ=255) gCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATCTTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATtaata < 2:112222/143‑1 (MQ=255) | ATGCGACAGATCGTTTTCTCACGGCTAAAGTCTCTACCGCTATCCCGGCTTCATTTTTATGGCTGCACAGTAACTTTATTTGTTTAATTAACACCTAACCAGATGAAAAATTTGCTCAAAATGTTTAAATTAACTTATGTAACAGTCACGCATTATATTAAATAACATTTGACTGGGTTGAACATAACGCCGATAGCAAAAGGAGTTATGTTCAACAATTTAATTTTAGATATACATATAACTTGTTCTATTAATA > CP009273/3280287‑3280542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |