| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 3,705,839 | G→A | 6.0% | G152G (GGC→GGT) | yhjY ← | autotransporter beta‑domain protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 3,705,839 | 0 | G | A | 6.0% | 201.9 / 2.4 | 67 | G152G (GGC→GGT) | yhjY | autotransporter beta‑domain protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (27/36); new base A (2/2); total (29/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.95e-01 | |||||||||||
TGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGCCG > CP009273/3705694‑3705980 | tgaGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCa < 1:99693/149‑1 (MQ=255) aGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAg < 1:213483/149‑1 (MQ=255) gCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCGAAGc > 1:77750/1‑149 (MQ=255) gCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATCCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGc < 1:208347/149‑1 (MQ=255) cAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGATGGTCGTCGGGGTTTTGGGCCCAGGGTCGGGGATCGCCACGcc > 1:68589/1‑149 (MQ=255) atatCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTCGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGa < 1:256423/149‑1 (MQ=255) atCAGCGCCTACGGTGACACCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGt < 1:291803/149‑1 (MQ=255) tccgcgcCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCg < 2:33531/140‑1 (MQ=255) aGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCaa < 1:262345/149‑1 (MQ=255) gcCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAacac < 1:302203/149‑1 (MQ=255) ccTGCGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGCCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGGTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTc < 2:5977/143‑1 (MQ=255) tcgggTGCCTTCCAGCCGGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGGTATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGGGCGCCAAACCGGGGGTCaa < 2:120531/140‑1 (MQ=255) tACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCaa < 2:239590/143‑1 (MQ=255) tACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGcc < 1:100930/149‑1 (MQ=255) tACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCCTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCaa < 2:125938/143‑1 (MQ=255) aCGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCa < 1:181169/149‑1 (MQ=255) cGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAaca < 2:322975/143‑1 (MQ=255) ggTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTTGCCTTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTACCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCAGATTTGCGCCCAGGGTCGTGGATCGCCAAGCAGGGAGTCGACACGCCAGc > 1:236086/1‑149 (MQ=255) tGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCt > 1:309979/1‑149 (MQ=255) 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agTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACg > 1:118002/1‑149 (MQ=255) tGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTTGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATATGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGGCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTg < 1:239429/149‑1 (MQ=255) ccGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGACAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACtgcc > 2:168239/1‑140 (MQ=255) ccGTTCTGGTTTGTCGCCGTCAGCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCAc < 2:241076/143‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTGTCGCCGTCGTCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGGTATTCTCGCCAAATTGGTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCt < 2:202396/143‑1 (MQ=255) ttCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCt > 2:180157/1‑143 (MQ=255) ttCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAAAACGCAGGCCGACGGTACTCACGCTGGCCTg > 1:277645/1‑149 (MQ=255) tttGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCACCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATaa > 1:286197/1‑149 (MQ=255) tgtgGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAACTGCTGGTTATAGCTGATTTGCTTCCAGGGTCGGAGATCACCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACg < 1:42285/149‑1 (MQ=255) tGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACg > 1:158891/1‑149 (MQ=255) tGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCGGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCACGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCAAGcc > 2:248825/1‑143 (MQ=255) ccGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAAc > 2:222573/1‑143 (MQ=255) tCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTc > 1:62066/1‑149 (MQ=255) tCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTc > 1:243911/1‑149 (MQ=255) tCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGAGCGGTc > 1:330208/1‑149 (MQ=255) tCCCGCCCAGGCCTGGTTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCg < 2:323801/143‑1 (MQ=255) ggCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTc > 2:242814/1‑143 (MQ=255) cTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATCCCATAACGGAGCGGCCAGCGGGgt > 1:319913/1‑149 (MQ=255) tccggCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGgta < 1:169464/146‑1 (MQ=255) tCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGgta < 1:27730/149‑1 (MQ=255) ccTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCACATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACTCGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACt > 1:192216/1‑149 (MQ=255) gATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAACTGGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGTTACTCACGCTCGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTc < 1:205803/149‑1 (MQ=255) atcgcgcCTGCCAGATTTGCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCCGATTTTCGCCCAGGGTCGGCGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACCCGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCg < 1:139867/146‑1 (MQ=255) ccTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAAc > 1:199778/1‑149 (MQ=255) ttCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGCGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGcc > 2:35481/1‑143 (MQ=255) ccAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGt < 1:242084/149‑1 (MQ=255) atatTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTc < 2:219090/143‑1 (MQ=255) tatTCTCGCCAAATTGCTGGTTACAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCg < 2:208342/143‑1 (MQ=255) tcGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTtata < 2:178695/143‑1 (MQ=255) tcGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCATCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGa > 1:338288/1‑149 (MQ=255) aaTTGCTGGTTATAGCTGACTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGa < 2:304891/143‑1 (MQ=255) aTTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAg < 2:260214/143‑1 (MQ=255) tGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCATACTCGTTATACATCGAGGTGGTtgt < 1:190842/149‑1 (MQ=255) cTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAggtgg > 2:170331/1‑143 (MQ=255) gTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGATGTGCCac > 1:167204/1‑148 (MQ=255) 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aTCGCTAATCCGGTAGTCAACACGCCAGCCTAAGGCACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACCCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGc < 2:299321/143‑1 (MQ=255) tCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCATCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTTGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGcc < 2:183448/143‑1 (MQ=255) cGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCGGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGCCg < 2:176430/143‑1 (MQ=255) | TGAGCAACATATCAGCGCCTACGGTGACATCCAGCCAGTTGCCGTTCTGGTTTGTCGCCGTCATCCGGCTCAGGCCTGATTGCGCCTTCCAGATATTCTCGCCAAATTGCTGGTTATAGCTGATTTGCGCCCAGGGTCGGAGATCGCCAAGCCGGGAGTCAACACGCCAGCCTAAGGTACTCACGCTGGCATGCCATAACGGATCGGTCAGCGTGGTAGTACTGTCGCCAAACTCGTTATACATCGAGGTGGTTGTGCCATCGTAATGTAATGCCGCGACCGGGCCG > CP009273/3705694‑3705980 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |