| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | 1045234 = | 19 (0.820) | 28 (1.210) | 23/268 | NT | 70.0% | intergenic (‑34/‑55) | gfcA/insA | O‑antigen capsule production threonine‑rich inner membrane protein/IS1 repressor TnpA |
| ? | CP009273 | = 1973123 | 5 (0.220) | intergenic (‑669/‑111) | flhD/uspC | flagellar class II regulon transcriptional activator, with FlhC/universal stress protein | |||||
GCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTA > CP009273/1045090‑1045377 | gCCAGTAGTACCCGTCGTGGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTGCCTTTATTCATCGCATGGACAATACgg < 1:417912/145‑1 (MQ=255) agtagtACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATAGAAAATACGGGTg > 2:214434/1‑145 (MQ=255) caacaatcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGAtgct < 1:20540‑M1/9‑1 (MQ=255) aacaatcaacttaatgttaataaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatatgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGAtgctg > 1:227506‑M1/136‑145 (MQ=255) aCCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGAtgctg > 1:263211/1‑145 (MQ=255) atcaacttaatgttaatgaaatgttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCaa > 2:216559‑M1/132‑145 (MQ=255) gtTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGTAGGCGATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTAATGATGCCAACtt > 2:246680/1‑145 (MQ=255) ttGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTa < 2:97817/145‑1 (MQ=255) gttttacatatattaaccacttgtttaatgcggagaatcagtacactattttcttataattacatttgaaattatatgatcaccgggagtgattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATCTCGTGTataatg < 1:325295‑M1/36‑1 (MQ=255) 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gattgattaattatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGGTTTTGAGGTGCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTCCTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCAc < 1:212878‑M1/126‑1 (MQ=255) aggaaCAATACGGGTGATGCTGCCAACTGACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTGCCCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCCCCCGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGACAAAAGCACTGCCGGa < 2:59545/141‑1 (MQ=11) attatctttaGGTGATTCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACa > 1:131100‑M1/11‑145 (MQ=255) ttatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACAt < 2:300518‑M1/136‑1 (MQ=255) ttatctttaGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGAACTGCCGGACAt < 2:169312‑M1/136‑1 (MQ=255) ctttaGGTGATGCTGTCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTTGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgc > 2:243129‑M1/6‑145 (MQ=255) aTACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTCCTGTATGTTTTTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCCGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGTGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAgc < 2:221422/145‑1 (MQ=11) gggTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTTCAGTGGCTTCTTGTTATATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGAAACGGGAGAAGCACGGCTGGACATccggggta > 1:116718/1‑138 (MQ=11) | GCCAGTAGTACCCGTCGTTGCCTCGGTCCCGTTTGTTGCTTCAGGGGCAGCAAACGCAGCTGGCGTCGTCAACATGAAGGCCATAAGGATTGCAGAAAGCTTGTGTTTCATAACTTTTCCTTTATTCATCGCATGGACAATACGGGTGATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGTTTTTGAGGTTCTCCAGTGGCTTCTGTTTCTATCAGCTGTCCCTCCTGTTCAGCTACTGACGGGGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTA > CP009273/1045090‑1045377 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |