| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 2,084,017 | Δ1 bp | 25.0% | coding (345/900 nt) | hisG → | ATP phosphoribosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 2,084,017 | 0 | C | . | 25.0% | 31.5 / 10.6 | 16 | coding (345/900 nt) | hisG | ATP phosphoribosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (8/4); new base . (2/2); total (10/6) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.87e-01 | |||||||||||
ATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGC > CP009273/2083886‑2084150 | aTCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCAGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTcc > 1:61023/1‑143 (MQ=255) tCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACTCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTcc > 2:192254/1‑149 (MQ=255) cGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGCGTGCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTa > 2:101861/1‑149 (MQ=255) ctTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTa > 2:360280/1‑149 (MQ=255) gATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTAtct > 2:398541/1‑149 (MQ=255) aTCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTa > 1:114894/1‑143 (MQ=255) gccACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGtt < 1:339181/142‑1 (MQ=255) ttttCCCGGCGTCGGCTGGATTTCGGCGGCTTTCGTCTTTAGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCGAGCGTTATCTCGACCAGa < 1:140029/143‑1 (MQ=255) tttACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCa > 1:22049/1‑143 (MQ=255) cTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTACCCGCACCAGAAAGGCATCTCttt > 1:17602/1‑143 (MQ=255) gggAGTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCtttt < 1:167998/142‑1 (MQ=255) gcTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGCGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTa < 1:350633/143‑1 (MQ=255) tGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTGTCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGCGATCTCTTTTAAATCCTGCTTCCt > 1:15013/1‑143 (MQ=255) tcTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACg > 1:126797/1‑143 (MQ=255) ttgcGCTGGCAACGCCGGTTGATGATGCCTGGGACGGTCCGCGCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCCCCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGtt < 2:226171/146‑1 (MQ=255) accccGGTTGATGAAG‑‑TGGGACGGTCCGCTCCCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCcgc < 2:130503/146‑1 (MQ=255) | ATCGGCGAAAACGTGCTGGAAGAAGAGCTGCTTAACCGCCGCGCCCAGGGTGAAGATCCACGCTACTTTACCCTGCGTCGTCTGGATTTCGGCGGCTGTCGTCTTTCGCTGGCAACGCCGGTTGATGAAGCCTGGGACGGTCCGCTCTCCTTAAACGGTAAACGTATCGCCACCTCTTATCCTCACCTGCTCAAGCGTTATCTCGACCAGAAAGGCATCTCTTTTAAATCCTGCTTACTGAACGGTTCTGTTGAAGTCGCCCCGC > CP009273/2083886‑2084150 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |