Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP009273 | 4,568,602 | C→A | E185* (GAG→TAG) | mcrB ← | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP009273 | 4,568,602 | 0 | C | A | 90.0% | 154.3 / 4.9 | 60 | E185* (GAG→TAG) | mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction enzyme McrBC, subunit McrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/2); new base A (27/27); total (31/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
GGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAA > CP009273/4568458‑4568746 | ggAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATAtt > 2:902209/1‑149 (MQ=255) aCTGTACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATtgtg < 2:776749/149‑1 (MQ=255) aCTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATACTATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATtgtg > 2:54927/1‑149 (MQ=255) tGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGt < 2:187954/149‑1 (MQ=255) ccATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCATATCAATAATGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCa < 2:1017681/149‑1 (MQ=255) cATATTGACGCGTTGCGTAGCTTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCTGGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGt < 1:412012/144‑1 (MQ=255) ttGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGTAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGAt > 2:701599/1‑149 (MQ=255) ttGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGCTGGAGCATCGTCTATAGTGTGGTTTCa > 1:366830/1‑144 (MQ=255) ttGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGGCAGCACGTAAGCCAGACGGCGTCCAACAAAGGGTTTTCCACCGCCCGGCGGCCCCTGGAGGAGCATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTAGCGGGTATATTGTGtttttt > 1:366483/1‑142 (MQ=255) tGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTTAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATa > 2:83476/1‑149 (MQ=255) gACGCGTTGCGGAGCCTTTTCGCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGtttgcgg < 1:352636/144‑5 (MQ=255) cgTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGG‑TTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATGAACaca > 2:438026/1‑147 (MQ=255) ggAGCCTTTTCCCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCAtt < 2:853862/149‑1 (MQ=255) ggAGCCTTTGCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCAtt < 2:443048/149‑1 (MQ=255) 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ctgCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCa < 1:711236/142‑1 (MQ=255) cGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGACGGCCAATGCTGACAGTACCCTCGATAGGGTTTTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTGCCTGACAGTATGATTCa < 1:433091/144‑1 (MQ=255) tgCGTGCAAACAGGATATTACCGACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGGTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACTGTATGATTCAGttttt < 2:370491/148‑1 (MQ=255) cGTGCAACAAATGGTTTTCCAACGCGGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGa < 2:699453/149‑1 (MQ=255) gTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGATTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGttt > 1:704609/1‑144 (MQ=255) gCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCGTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGttttt < 1:49168/144‑1 (MQ=255) caacaaAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGGTTCAGGGATAAACAAACCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATa > 2:857943/1‑149 (MQ=255) aacaaAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGa < 1:421083/144‑1 (MQ=255) aaaGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATTGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATCAACACATCATTTAACGCGTCTTCCAGACCGTCTGGTTCAGTTTTTGatat > 1:295000/1‑144 (MQ=255) aaaGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACCTCGGTg > 2:57338/1‑149 (MQ=255) 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ttttttttttttttCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGTTTTCAGGGCTACACAAATCATTTAACTGATCTTCCAGACAGTATGATTCTGTTTTTGACATTGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGt > 1:14869/14‑144 (MQ=255) ttGAGGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCGATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTGtcgtcg < 1:137504/144‑1 (MQ=255) tCGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTGTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCCGAATTAAATATTAATTTTTAGTCGTGGATTATGTTGTCCa > 2:478392/1‑149 (MQ=255) cGTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATATCACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTAttttg < 1:777162/144‑1 (MQ=255) gTTTGAGTATCGTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTAtgtggt > 1:948883/1‑144 (MQ=255) 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gTCTATATTGTGGTTTCAGGGATAACAAACGCAATAAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCaaa > 2:1028543/1‑149 (MQ=255) | GGAACTGAACCATATTGACGCGTTGCGGAGCCTTTTCTCCTGTCAGCAAGTAAGCCAGACGGCGTGCAACAAAGGTTTTTCCAACGCCGGGCGGCCCCTGGAGGATAATATTTTTTTTGATGGTTAATCGTTTGAGTATCGTCTCTATTGTGGTTTCAGGGATAAACAAATCATTTAACGCATCTTCCAGACAGTATGATTCAGTTTTTGACATAGGTGGAATAACACTCTTGCCAGAATTAAATATTAATTTATAGTCGTTGATTATGTTGTCCAGCATAGAGGCAAA > CP009273/4568458‑4568746 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |