| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| JC | CP009273 | 3,676,871:1 | +TAA | 74.8% | intergenic (‑64/+119) | dctA ← / ← yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP009273 | = 3676866 | 11 (0.330) | 34 (1.010) +AAT |
34/254 | NT | 74.8% | intergenic (‑59/+124) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase |
| ? | CP009273 | 3676867 = | 12 (0.350) | intergenic (‑60/+123) | dctA/yhjK | C4‑dicarboxylic acid, orotate and citrate transporter/cyclic‑di‑GMP phosphodiesterase | |||||
TTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3676720‑3676866‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCT > CP009273/3676867‑3677014 ||| TTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAA < 2:46301/149‑1 ATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAAC < 2:84056/149‑1 TAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATTGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATA < 1:522913/143‑1 AAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCC < 2:517095/149‑1 ATAGCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGGCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACAT < 1:463496/143‑1 ATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGA < 1:223224/143‑1 GCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTGTGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAAT > 1:357193/1‑143 GCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCT > 2:564828/1‑149 GCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTCTTAAACAGAGAGCTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTACGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCT < 2:333147/149‑1 TATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACACAGACAACATCAGAGAAACGT > 1:387944/1‑143 CGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGTGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACC < 1:132309/143‑1 GTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAA < 2:637897/149‑1 TCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGCAATGTACCTGGATCATAAT > 2:40125/1‑149 ACCGGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCATATAATAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTAGGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAA < 2:303197/149‑1 CTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATT > 1:414858/1‑143 TGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACCGAAATGTAACTGGATCATAATTG > 1:229691/1‑143 GAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGA < 1:272162/143‑1 AAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGGTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAACCCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGCACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAA < 2:350082/149‑1 ggAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGGTTTCATAGTGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGG < 2:632311/147‑1 AAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAA > 1:556632/1‑143 GCTTGTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGG > 1:545017/1‑143 GAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAGCCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTT > 1:416939/1‑143 GTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCG > 2:513460/1‑149 GTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCT > 1:293796/1‑143 TCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACC > 1:450434/1‑143 CTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAGAAAGTTTGAGCTAGCTCGCGCAAACCAGCACTTT > 2:94768/1‑149 TAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCGCAAACCAGCACTTTTTA > 2:248941/1‑149 AGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTca > 2:175987/1‑147 AAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCCCATTTTAAAGTT > 2:358727/1‑149 AACCACAGGTCTTGTAAGGTTGTGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTT < 2:401833/149‑1 ACCACAGGTCTTGTAAGGGTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTCCCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTT < 2:226152/149‑1 CCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGATAAAAAGTTTGAGCTCGCTCGCCCAACACAGCACTTTTTAAA > 1:297845/1‑143 TTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTT < 2:236175/149‑1 TACCTGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCT < 1:394630/143‑1 ccgGCGGCCTAAAAAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCT < 2:290154/146‑1 TGCGGCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTC > 2:227916/1‑149 GCCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGG < 2:357287/149‑1 CCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTT > 1:51036/1‑143 CCTTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGATAGCTACTTTTCTT > 1:541799/1‑143 TTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAACGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTCGCTACTTTTCTTCC > 1:469671/1‑143 TTAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCGGTATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAA < 2:174747/149‑1 TAAAATAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCA > 1:559509/1‑143 ATAAAAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTC < 2:24649/149‑1 TAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAACAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGGTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCT > 2:482075/1‑149 ||| TTTCAGGATAGAAATGGCCAAGGAGAATACCAATGGCTATCGCTGTCAGGACCTGAAAGTAAAGGCTTTTAAACAGAGAGGTTTTCATAGGGTGTCCTTTAGTAAAACCACAGGTCTTGTAAGGTTATGGGGTACCTGCGGCCTTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > CP009273/3676720‑3676866‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑AATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCT > CP009273/3676867‑3677014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |