| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | CP009273 | 786,387 | C→G | 4.0% | W33C (TGG→TGC) | galT ← | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP009273 | 786,387 | 0 | C | G | 4.0% | 299.1 / 4.2 | 101 | W33C (TGG→TGC) | galT | galactose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (59/37); new base G (2/2); total (61/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.42e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.72e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
AAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGC > CP009273/786242‑786534 | aaGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑g < 2:53950/149‑1 (MQ=255) ccGCAAAGTCATTAGTGAAAACGGCAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCGGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGTTCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑gggg < 1:268296/149‑1 (MQ=255) cGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTACCACCTGTTTGGCTGGCGGTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGgc > 1:1115284/1‑149 (MQ=255) cGCAAAGTCATTAGAAAAACCGTAAGGCCCGGTGTAATCGGGGGGTATATAGCATGTACACAACCCATTACCTACCCATATGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGTCGTTTCCTGCGCCCCCTCCCA‑CGGgc > 2:262664/1‑149 (MQ=255) gCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGgcg > 1:563488/1‑149 (MQ=255) aaaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCt < 1:1199564/149‑1 (MQ=255) aaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCG‑CCCCTGGCA‑gggggcgcag < 1:1000278/149‑7 (MQ=255) aaGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCG‑CCCCTGGCA‑gggggcgcag < 1:249415/149‑7 (MQ=255) aTTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTGACACGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGGAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTGCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCATCgcgc > 2:730393/1‑149 (MQ=255) aTTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGATTCCTGCGAGCCCTGCCA‑GGGGGGCGTAgcgc > 2:817417/1‑149 (MQ=255) aTTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGAGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATAGTGCGCAGGTAAGACCTGTTTGGCTGGCGTTTGCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAgcgc > 2:849277/1‑149 (MQ=255) ttAGTGAAAACGTACGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTACCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGcgcg < 1:318370/149‑1 (MQ=255) ttAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGggcg > 2:931145/1‑149 (MQ=255) 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acCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGGTCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCggg > 2:61882/1‑149 (MQ=255) acCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCggg > 2:555927/1‑149 (MQ=255) ctggcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgt > 1:413583/1‑149 (MQ=255) ctggcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgt > 1:68578/1‑149 (MQ=255) ctggcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCATAATCGGGCTGTCCCtgt > 2:953106/1‑149 (MQ=255) tggcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgtg > 1:687572/1‑149 (MQ=255) tggcGTTTCCGGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCCGAATCCATTGCCCGGTGCGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCTACGGGATTGAATTGCGTCATTGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgta < 2:1170275/149‑2 (MQ=255) cggcGGTTCCGGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATATGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCtgtg < 2:917269/148‑1 (MQ=255) gcGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGCTGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGa < 1:827798/149‑1 (MQ=255) cGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGAt > 1:499637/1‑149 (MQ=255) gTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATGGCCCGGTGAGCGGGTTTTAGCGGCGAGGGGGATGATCCACGGGCTTGACTTGCGTCATGGTCGGTCCTTCACCAGCATAGCCCTGTGGGTg > 2:27312/1‑149 (MQ=255) tttCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATAGGGATATCCCTGTGGATgg > 1:919303/1‑149 (MQ=255) taagcggcccTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGt > 1:610370/8‑149 (MQ=255) taagcgccccTGGCAGGGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGt > 1:92624/7‑149 (MQ=255) tGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGCCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGa < 1:461569/149‑1 (MQ=255) cgcCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCGGTGGATGGCGTGACt > 1:548071/1‑149 (MQ=255) cgcCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGAGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATGAACGGGATTAAAATGCGGCAGGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGagc > 2:849609/1‑147 (MQ=255) cccccTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGCGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTCATAGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgc > 2:928929/1‑149 (MQ=255) ccccTGCCA‑GGGGCGCATAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGAGAGCGGGATGGAGCGGCGGTGTGGATGATCAGCGGGGATAAATTGAGTCATGGTCGCTCCTTCATAGGGGTGTCCACGGGGATGGCGTGACggcc > 2:611327/1‑149 (MQ=255) ccTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccag < 2:471588/149‑1 (MQ=255) cTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagt < 1:1196943/149‑1 (MQ=255) gCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATGGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACtgccagtgc < 1:931145/149‑1 (MQ=255) | AAGCCGCAAAGTCATTAGTGAAAACGTAAGTCCCGGTGTAATCGGGGTTTTTATCGCCTGTCACCCGCACATTACCTGCGCAGAGGAAGCAATCTGGATCGTGCGCAGGTAACACCTGTTTGGCTGGCGTTTCCTGCGCCCCCTGCCA‑GGGGCGCTTAGCGCGGTGCGGTGAAACCAGAATCCATTGCCCGGTGAGCGGGTTGTAGCGGCGATGTGGATGATCAACGGGATTAAATTGCGTCATGGTCGTTCCTTAATCGGGATATCCCTGTGGATGGCGTGACTGCCAGTGC > CP009273/786242‑786534 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |