| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 4546998 | 136 (1.200) | 3 (0.030) | 3/486 | NT | 2.2% | coding (1903/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| ? | NC_000913 | 4547003 = | 132 (1.180) | coding (1908/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
AACACTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGTATACGGTACGTTGCTGGAAGACAACAACCTCAGCTATAGCGTGCAAACCGGCTATGCCGGGGGAGGCGATGGAAATAGCGGAAGTACAGGCTACGCCACGCTGAATTATCGCGGTGGTTACGGCAATGCCAATATCGGTTACAGCCATAGCGATGATATTAAGCAGCTCTATTACGGAGTCAGCGGTGGGGTACTGGCTCATGCCAATGGCGTAACGCTGGGGCAGCCGTTAAACGATACGGTGGTGCTTGTTAAAGCGCC > NC_000913/4546718‑4547266 | aaCCCTGTATTTGAGTGTTAGCCCTCAAACGTATTGGGGAACGATTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGG < 1:853986‑M1/281‑1 (MQ=255) acacTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAAGCTGG < 1:871137‑M1/280‑1 (MQ=255) acacTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCAATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCGATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGGCGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGG < 1:548478‑M1/280‑1 (MQ=255) acTGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATctggct < 2:1104669/280‑1 (MQ=255) tGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGAGCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTAACAGTAAATCCCAGTGGCGACATGACCGTGCCAGCTACAGACTGGCACAC‑GATCTCAAGGGCCGGATGACCAATCTGGcgggg > 2:120734‑M1/1‑276 (MQ=255) tGTATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGAGACGAGTAAGGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAAATATCAACTTGACGCTAAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGCAAAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGG < 2:538653‑M1/276‑1 (MQ=255) tATTTGAGTGGTAGCCATCAAACTTATTGGGGAACGAGTAATGTCGATGAGCAATTCCAGGCTGGATTAAATACTGCGTTCGAAGATATCAACTGGACGCTCAGCTATAGCCTGACGAAAAACGCCTGGC‑AAAAGGACGGGATCAGATGTTAGCGCTTAACGTCAATATTCCTTTCAGCCACTGGCTGCGTTCTGACAGTAAATCTCAGTGGCGACATGCCAGTGCCAGCTACAGCATGTCACAC‑GATCTCAACGGTCGGATGACCAATCTGGCTGGTGta > 1:439769/1‑281 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |