| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,212,088 | (C)8→9 | intergenic (‑85/+615) | iraM ← / ← ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,212,080 | 1 | . | C | 85.4% | 142.2 / 17.8 | 48 | intergenic (‑77/+623) | iraM/ycgX | RpoS stabilzer during Mg starvation, anti‑RssB factor/DUF1398 family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/3); new base C (20/21); total (24/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
AAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGAC > NC_000913/1211848‑1212350 | aaGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑c‑c‑c‑cccccctcaa > 1:460496/1‑241 (MQ=255)aaGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑c‑c‑c‑cccccctcaa < 2:460496/246‑6 (MQ=255) cAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGa < 1:1949351/289‑1 (MQ=255) gACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGaa > 1:1804736/1‑288 (MQ=255) 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2:200595/216‑1 (MQ=255) tGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTAC‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAAtt > 1:200595/1‑216 (MQ=255) ttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGtt > 1:982757/1‑168 (MQ=255) ttATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGtt < 2:982757/168‑1 (MQ=255) ttGCAAATGAGTATATTT‑‑CTC‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAAGTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGcatgac < 2:827546/289‑1 (MQ=255) | AAGGATAATACCAGACTTAACCGGTGTAAATATACTGCCAGGAGGGAGAAATATAGTAGATTGATACCAGATGATCATTTTCATATTACCCCATATGGCTGAAAAAGATATACCACATGTAGGTTGAATTACCGTGTCAATTACTATCCACTTCATTTGTTATGTCTTATCCCACGGTATTTAATATGGTTCATTAGGATGTTTATTTCTTGATTTTGCATATGAGTATATTA‑‑C‑C‑C‑CCCCC‑TCAAAAAAATAAATTAATTAAAATGATGGCTTATATAAAATAAAATTTAAAGCAAGGAATCTCAATGGATGTTAAACAAAATGAGATTTTGTGAAAGCAATAAATTATTGACTTCGTTTTAGATTTGTTTAGCTATAATGTTATACATTCAAATGACTGAACATCCTGTAATTAAAACATAGCCTTTATGCTACTTTGTGCCAATTTGCTAAACATTATGGTTGCCTTTTTATATAACGATAATAATGAATATAAGCATGAC > NC_000913/1211848‑1212350 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |