Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,183,214 | C→T | T657I (ACC→ATC) | rpoB → | RNA polymerase, beta subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 4,183,214 | 0 | C | T | 99.0% | 1091.6 / NA | 289 | T657I (ACC→ATC) | rpoB | RNA polymerase, beta subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (138/148); total (140/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AACCCCTGAAGGTCCGAACATCGGTCTGATCAACTCTCTGTCCGTGTACGCACAGACTAACGAATACGGCTTCCTTGAGACTCCGTATCGTAAAGTGACCGACGGTGTTGTAACTGACGAAATTCACTACCTGTCTGCTATCGAAGAAGGCAACTACGTTATCGCCCAGGCGAACTCCAACTTGGATGAAGAAGGCCACTTCGTAGAAGACCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCACCCAGCAGGTGGTATCCGTCGGTGCGTCCCTGATCCCGTTCCTGGAACACGATGACGCCAACCGTGCATTGATGGGTGCGAACATGCAACGTCAGGCCGTTCCGACTCTGCGCGCTGATAAGCCGCTGGTTGGTACTGGTATGGAACGTGCTGTTGCCGTTGACTCCGGTGTAACTGCGGTAGCTAAACGTGGTGGTGTCGTTCAGTACGTGGATGCTTCCCGTATCGTTATCAAAGTTAACGAAGACGAGATGTATCCGGGTGAAGCAGGTATCGACATCTACA > NC_000913/4182930‑4183498 | aCCCCTGAAGGTCCGAACATCGGTCTGATCAACTCTCTGTCCGTGTACGCACAGACTAACGAATACGGCTTCCTTGAGACTCCGTATCGTAAAGTGACCGACGGTGTTGTAACTGACGAAATTCACTACCTGTCTGCTATCGAAGAAGGCAACTACGTTATCGCCCAGGCGAACTCCAACTTGGATGAAGAAGGCCACTTCGTAGAAGACCTGGTAACTTGCCGTAGCAAAGGCGAATCCAGCTTGTTCAGCCGCGACCAGGTTGACTACATGGACGTATCCATCcagc > 1:1651036/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |