| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 4545906 = | 133 (1.140) | 4 (0.030) | 4/482 | 10.9 | 2.8% | coding (811/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher |
| ? | NC_000913 | 4546101 = | 145 (1.260) | coding (1006/2637 nt) | fimD | fimbrial usher outer membrane porin protein; FimCD chaperone‑usher | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 133 total aligned reads displayed.
CCGGTATTAATGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTGCCCCGGTGATCCACGGTATTGCTCGTGGTACTGCACAGGTCACTATTAAACAAAATGGGTATGACATTTATAATAGTACGGTGCCACCGGGGCCTTTTACCATCAACGATATCTATGCCGCAGGTAATAGTGGTGACTTGCAGGTAACGATCAAAGAGGCTGACGGCAGCACGCAGATTTTTACCG > NC_000913/4545634‑4546173 | aaTGCCGGATTTCTAAATTATATGTTCAGCGGAAATAGTGTACCGAATCGGATTTGGGGTAACGGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTCATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGa < 2:643233/275‑1 (MQ=255) aTGCCGGATTGCTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGAt > 2:1015915/1‑275 (MQ=255) cTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATTGTATTAACtt > 1:471407/1‑275 (MQ=255) cTCAATTATAATTTCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGAATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACtt > 1:277205/1‑275 (MQ=255) tCAGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCA‑ATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAAt > 1:1062469/1‑275 (MQ=255) aGCGGAAATAGTGTACAGAATCGGATTGGGGTTAAAAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATAAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGTTGGGTGATTGTTATACTCAGGGCGATCTTTTCGATTGTATTAACTTTCGCGGCGCACTAtt > 1:486263/1‑275 (MQ=255) tAGTGTACAGAATCGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAg < 1:1015915/275‑1 (MQ=255) aGTGTACAGAATCGGATTGGGTGTAACAGCCAGTATGAATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCTACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATAAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGa < 1:788900/275‑1 (MQ=255) atggggtttggggTAACGGCCATTATGCGATTTTAAACCTCCAGATGGGGTTAAATATTGGTGGGGGGCGTTTAGGGGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGATACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATg < 2:760777/266‑1 (MQ=255) cGGATTGGGGGTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATCTTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCCCAATTGGCCTCAGATGACAATTTGtt > 1:1035654/1‑275 (MQ=255) tgggTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTGTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGAt < 1:134343/274‑1 (MQ=255) ggggTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTc > 2:865174/1‑253 (MQ=255) ggggTAACAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGAt > 2:622057/1‑275 (MQ=255) 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aCAGCCATTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCaa > 1:80619/1‑275 (MQ=255) aTTATGCATATTTAAACCTACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAgg > 1:209477/1‑274 (MQ=255) gCATATTTAAACCGACAGAGTGGGTTAAATATTGGTGCGTGGCGTTTACGCGACAATACCACCTGGAGTTATAACAGTAGCGACAGATCATCAGGTAGCAAAAATAAATGGCAGCATATCAATACCTGGCTTGAGCGAGACATAATACCGTTACGTTCCCGGCTGACGCTGGGTGATGGTTATACTCAGGGCGATATTTTCGATGGTATTAACTTTCGCGGCGCACAATTGGCCTCAGATGACAATATGTTACCCGATAGTCAAAGAGGATTTg < 1:30359/274‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |