| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1953917 = | 107 (0.910) | 3 (0.030) | 3/476 | 11.5 | 2.4% | coding (476/972 nt) | cmoB | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent |
| ? | NC_000913 | 1954226 = | 145 (1.280) | coding (785/972 nt) | cmoB | tRNA (cmo5U34)‑carboxymethyltransferase, carboxy‑SAM‑dependent | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
AGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTGCTAATTCAATATATTGCAGGGACTATG > NC_000913/1953956‑1954498 | aGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTTGCTgaag > 1:919960/1‑275 (MQ=255)aGCGCGCGCATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTgaag > 1:687239/1‑275 (MQ=255) cgcgcgcATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGGAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGGCCTGAAAAACTGGCTgaagaa > 2:476599/1‑275 (MQ=255) cgcgcATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCACCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCCGAAGAA‑gt > 2:244674/1‑275 (MQ=255) cgcATTTGTTACCGTTAGGTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑gtg < 1:704005/274‑1 (MQ=255) ttACCGTTAGGTTTTGAAGAACTTCCTGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGAGTGGCGTGCTTTACCATCCCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCATTTGAAAGATCAACTGGTCCATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGt < 2:527428/275‑1 (MQ=255) gTATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGCGAACACGGTGCTGTTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGCCTCTTTCGTCCCTTCCGCGATGGCGCTGCAAAACTGGCCGATGCA‑GTGTGGTTTTGTAg > 2:452388/1‑267 (MQ=255) tATTGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCa < 1:908561/275‑1 (MQ=255) tGAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTGTATACCATCGTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGatat < 1:452388/267‑1 (MQ=255) gAACAACTTCCGGCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTg > 1:158429/1‑274 (MQ=255) ttCGGGCACTTAAAGCCTTTGAGGCCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCAGCGCCGTGCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGGTCAAGTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATCGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCGGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTGCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGAtgtg < 2:1181159/275‑1 (MQ=255) ggCACTGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAACACCTGGCCGAAGAC‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGGGCg > 2:569713/1‑275 (MQ=255) tggaaGCCTTTGGTACCGTCGTTTCGAGGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTac < 2:786324/271‑1 (MQ=255) tGAAAGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTac < 2:184697/274‑1 (MQ=255) aaaGGCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGGCGTTAACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTaccac < 1:497243/275‑1 (MQ=255) aaaGCCTTTGATACCGTCTTTTCGATGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTCTTTCATCCCTTCCGCGACGGCGCTGAAAAACTGGCTGAACAA‑GGGTGGTTTGGTAGATATCCGCATTGCGGACTGGAGCGTCaacac > 2:611149/1‑275 (MQ=255) tCGATTGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCAc < 1:700042/275‑1 (MQ=255) tCGAGGGGCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGGGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGAGGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCAc < 2:794533/275‑1 (MQ=255) gggCGTGCTTTACCATCGCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGa > 1:396175/1‑234 (MQ=255) 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(MQ=255) gCCGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGATGGCGCTGAAAAACTGGCTGACGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGCTGTGCGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGAGCCCCCGAatggatgctacccggata > 2:1053540/1‑263 (MQ=255) ccGTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCCCAAATGCGTAATGTCAATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTTGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCAACGCACCGAATGGAAGGTGTCCGAATcct > 2:474271/1‑273 (MQ=255) gTTCACCGCTGGAGCATCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGtt < 2:1143881/192‑1 (MQ=255) 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tCTATGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACGGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGTGTTACCACCCCAGAAGAGCAGCGACGCACGGAATGGATGGTTACCGAATGGCTGGCCGATTTctccgcac > 2:141271/1‑268 (MQ=255) tGGCAGTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGAt < 1:378034/261‑1 (MQ=255) gTTGAAAGATCAACTGGTCAATGAAGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGAt < 1:854620/274‑1 (MQ=255) 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aGGTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTAATGAGAACACGGTGCTGTTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATc < 1:1052525/275‑1 (MQ=255) gTGAACTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACCGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCCGGCCGATTTCCTCCACCCACCAGATCCGGGCAAAACGGTGGACGGTTAGCCg > 2:342692/1‑275 (MQ=255) aaCTGGTGCTGGAAACGCTGGTTATTGATGGTGATGAGAACACGGTGCTGGTACCAGGCGATCGTTACGCGCAAATGCGTAATGTCTATTTCATCCCTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATCTACGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGAAGCGACGCACCGAAGGGACGGTTACCGAATCCCTGGCCGATCTCCGCGACCCACATGATCCGGGTCAAACGGTGGAAGGGTATCCg > 2:949409/1‑272 (MQ=255) 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1:331292/1‑167 (MQ=255) cccTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAACGGTCTGGTACTACTGCCGGGTGGGGCGTGAACGCCTTCTCCAGACTACAAAACCTTg > 2:1007969/1‑275 (MQ=255) cccTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGCAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGGCCTACAAAACCTTg > 1:813166/1‑275 (MQ=255) cccTTCCGCGCTGGCGCTGAAAAACTGGCTGAAGAA‑GTGTGGTTTTGTAGATATCCGCATTGCGGATGTGAGCGTTACCACCACAGAAGAGAAGCGACGCACCGAATGGATGGTTACCGAATCGCTGGCCGATTTCCTCGACCCACATGATCCGGGTAAAACGGTGGAAGGTTATCCGGCACCTAAACGCGCGGTGCTGATTGCGCGCAAGCCGTAAAGGTCTGGTATTACTGCCGGATGCGGCGTGAACGACTTATACGGCCTCCacacgcttg > 2:351005/1‑267 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |