| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2765420 = | 198 (0.820) | 6 (0.030) | 6/416 | 17.0 | 3.5% | intergenic (‑267/+93) | yfjL/yfjM | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein |
| ? | NC_000913 | = 2765411 | 163 (0.820) | intergenic (‑258/+102) | yfjL/yfjM | CP4‑57 putative defective prophage, DUF4297/DUF1837 polymorphic toxin family protein/CP4‑57 prophage; uncharacterized protein | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 204 total aligned reads displayed.
CGCCTGAATCGTTCGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGATATTATAAAACACAGTTGCACGCATTATTTCCTGGTTGGTAGGGTCATATCTCGATGCTCTTTGAGCAATGTCAACATCGCGTGTTCATGGCTTTCTATATTGTTGATGCCTTGCCCATCCGGACCCCACTCCTTATAGCTCATCATGATGGCTTGTTTTGGGCTCTCTGCTCGTTCTGTTTCGACGTAGAATTTTTTCTTGTCTGCTGGCGAAT > NC_000913/2765132‑2765703 | cGACTCCATTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcacta < 2:30915/289‑1 (MQ=255) cTCCCTTTAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatgg < 2:1861027/289‑1 (MQ=255) tttAGACATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcacta < 1:1467279/289‑1 (MQ=255) aCATCCGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCATCTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatggc > 1:334911/1‑288 (MQ=255) ccGTGACAATTTTGCGAAAATTAAGGAGATGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatggcactat > 2:436722/1‑289 (MQ=255) tGTTATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAAt < 2:657046/289‑1 (MQ=255) ttATGACACAGTCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCCCTATGGCACCGCCACCGATTGTCATc > 1:2288307/1‑288 (MQ=255) 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tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGTAGGTATCAAGTTTTTCAGTATTCCACAAATATTGTAACCATGACGTCCAATTTGAGTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATTGCACTATGGACCTATGGCTCTACTGCCCTATGGCACCGCTAGCAATTGTAATccacctttatttt > 2:903875/1‑277 (MQ=255) tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACTCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGAAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactattgcactatggcactatggcatgatggca > 1:2084396/1‑251 (MQ=255) tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCgcactatggcactatggcactatggcactatggcactat > 1:1869944/1‑247 (MQ=255) tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCCCCGCAAGCAATTGTAATcaacctttaattt > 2:1072390/1‑278 (MQ=255) tCCAATCGGATCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCACAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACACTTGa < 2:819074/285‑1 (MQ=255) tCACTGCATCATCACCAGTGATCTAAATACTTCACAGCCATTCTCGGTCGCAGGTATCAAGCTTTTCAGGATTCCCCAAATATTGTAACCCTGACGTCTAATTTGGTTATATAACATACTGCCCCAACTAACGTAAGGTAGGCACAGCCTTAATCAAGGTTTTGGTTTTCAAATAGTTCAGAGCTGAGACCGCCAACCGCACTATGGCACTAAGGCACTATGGCCCTATGGCCCTATGGCACTATGGCACCGCCAGCGATTGTAATCACATTTGATATTATAAAAcaca > 1:1310390/1‑289 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |