| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 238,472 | C→G | 7.1% | A89P (GCC→CCC) | ykfM ← | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,472 | 0 | C | G | 7.1% | 180.1 / 3.5 | 54 | A89P (GCC→CCC) | ykfM | lethality reduction protein, putative inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (29/21); new base G (2/2); total (31/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATCCATTATTACATTTCATGCCATTTTTAATATAGATTGCTCCTGGGAAAATTCCCGTATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATA > NC_000913/238202‑238750 | tGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATCCATTATTACATTTCATGCCATTTTTAATATAGATTGCTCCTGGGAAAATTCCCGTATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACt > 1:1148864/1‑281 (MQ=255) 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aTGTCTGTGGCGAAATCGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATATAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTATCCAATCATAAAATATCTACGTGCTGCATTTTATTATTTAATATAGAGGTATAACACTGGTAAAACATAAAGAAGCATGCAATGAAGGGAAAAATAATAAGGCAATAAAAAACATAGAAAGAAACTCTTTTAATATAACATTTAAACGTAGGATTaa > 2:162978/1‑281 (MQ=255) tccgtgGCGAAATTGACTAACTTCGTTTTTTTGATTAAGAATTATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTACGGTAAAAAACAAAGAAGAATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGACATAAAAAACATAGAAAGAAACTCTTTTAATGAAAAATGTAAACGCAAGGTTAATca > 2:649354/4‑280 (MQ=255) tCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATc > 2:760845/1‑280 (MQ=255) 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gtgGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATc > 2:833137/1‑51 (MQ=255) ggCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCata > 1:186142/1‑281 (MQ=255) ggCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCata > 1:1079326/1‑281 (MQ=255) | TGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATCCATTATTACATTTCATGCCATTTTTAATATAGATTGCTCCTGGGAAAATTCCCGTATTATTACCGCAGGGGTGATAATTAGTATTGACATATCCTGTGACAAAAGGAGCTATTAAAGGTGCTATTACGATAGCTATTAGTAAAAATATAAGAGTTAGCTGTATTGTTATGTCTGTGGCGAAATTGACTACCTTCGTTTTTTTGATTAAGAATGATTTTATTATCGTAAGTAAAATTACATGAATATTTAAAAAGGAAAACGACATGAAACCGAAGCACAGAATCAACATTCTCCAATCATAAAATATTTCCGTGGAGCATTTTATTATTGAATATAGAGGTTTAACTCCGGTAAAAAACAAAGAAGCATTGAATGCAGGGAAAAATAATATGGCCATAAAAAACATCGAAAGAAACTCTTTTAATTTAACATGTAAACGCATGGTTAATCCTCATA > NC_000913/238202‑238750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |