| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 3,801,032 | C→T | G323E (GGA→GAA) | waaR ← | lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase; UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 3,801,032 | 0 | C | T | 97.1% | 474.9 / 0.2 | 141 | G323E (GGA→GAA) | waaR | lipopolysaccharide 1,2‑glucosyltransferase; UDP‑glucose:(glucosyl)LPS alpha‑1,2‑glucosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/3); new base T (58/78); total (59/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
TCATTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCC > NC_000913/3800886‑3801175 | aTTTAATACATTGATGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTTCTga < 6:130355/149‑1 (MQ=255) aTTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATACACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTTCTga < 6:218865/149‑1 (MQ=255) aTTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTTCTga < 5:49148/149‑1 (MQ=255) tttAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTTCt > 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4:319188/149‑1 (MQ=255) taATTTCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGc < 7:263280/148‑1 (MQ=255) | TCATTTAATACATTGAGGTACTTTGAATTGTTTTCATCGGTAAAAACAACCAAGTCTTTGATCTTGCTCTTCTGAATCATAATAAACCAGTTAAATGTTATTTACGGTAATATTTTCGGCAAAGATAACAGACTCCTGCTATAATTCCTGAGATATAATGATGTTGCACTAAAAGATGTTTATATCTTTTTTTAAATTCAATAATTGATTTCGCATCTCGTGGAGAGTCATCTTTCCAGGGGGAATTTTCTAAAGCTATTTTATAGTATTTTACCGATGGATAAATTGCC > NC_000913/3800886‑3801175 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |