| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,138,730 | T→A | 5.6% | A102A (GCA→GCT) | gldA ← | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,138,730 | 0 | T | A | 5.6% | 227.4 / 3.3 | 71 | A102A (GCA→GCT) | gldA | glycerol dehydrogenase, NAD+ dependent; 1,2‑propanediol:NAD+ oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/29); new base A (2/2); total (40/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.98e-01 | |||||||||||
AATGACCATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCTACTACCAGTCCA > NC_000913/4138583‑4138871 | aaTGACCATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGt > 7:228379/1‑148 (MQ=255) cATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAATCTCTCCCTATTCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTtg > 6:36984‑M2/1‑146 (MQ=255) cATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTtg > 3:18081‑M2/1‑146 (MQ=255) tatTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTtgg < 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1:243851‑M2/148‑25 (MQ=255) aTAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAAAGCACtggcacatttcatgggtgttccggtagc < 1:101090‑M2/147‑29 (MQ=255) tAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGa > 8:147612/1‑148 (MQ=255) tAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAAAGCACtggcacatttcatgggtgttccggtagcga > 2:243851‑M2/1‑118 (MQ=255) gTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATAcc > 1:12755/1‑147 (MQ=255) cAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATAcc > 8:133018/1‑145 (MQ=255) 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aCAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCcg > 3:56907/1‑148 (MQ=255) cAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGc < 8:80461/82‑1 (MQ=255) cAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGc > 7:80461/1‑82 (MQ=255) aGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCcgcg < 7:147612/148‑1 (MQ=255) gACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCATTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACCCTGCGCAGTCTCCGCGa > 1:136145/1‑148 (MQ=255) cTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTg > 8:87520/1‑125 (MQ=255) cTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTg < 7:87520/125‑1 (MQ=255) cACTGTTCATCTGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACAGGAACACCAATTAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATAGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCgaga < 8:61893/108‑1 (MQ=255) aCGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGaa > 7:61893/1‑108 (MQ=255) gCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGa < 7:133018/148‑1 (MQ=255) gCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGc > 2:281838/1‑147 (MQ=255) cGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCg > 7:218680/1‑147 (MQ=255) aTAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGaa > 6:45515/1‑147 (MQ=255) aTAGTCGGTACGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGaa > 8:17849/1‑147 (MQ=255) tAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGc > 8:254843/1‑143 (MQ=255) tAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGc < 7:254843/143‑1 (MQ=255) tAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACa > 5:18079/1‑148 (MQ=255) ggggCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGCGTTTTTCCGCCACCGATCCCGCGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCAc < 4:258863/145‑1 (MQ=255) ggTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCAc < 1:91931/148‑1 (MQ=255) gTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCAcc > 7:123387/1‑148 (MQ=255) cTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACgg > 8:271821/1‑148 (MQ=255) cGGCACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGgcgc > 6:236139/1‑147 (MQ=255) 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tGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTctacta > 4:261849/1‑147 (MQ=255) tGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCtactac > 1:237128/1‑148 (MQ=255) gAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCtactac > 5:11482/1‑147 (MQ=255) gAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCtactac > 8:131135/1‑147 (MQ=255) gAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCtactac > 2:212305/1‑147 (MQ=255) 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AATGACCATATTCGGGTTATTTGGCAACAGCAGATAGCGGTCAAACTCACCCTCATCGGTGTAGATAACAGACAATGCGCTGCACGGTGCATCGGTAGAGGCGATAGTCGGTGCGATCGCTACCGGAACACCCATGAAATGTGCCAGTGCTTTGGCAGTATCGAGGGTTTTTCCGCCACCGATACCGAGAATTGCGCCACACTGCGCAGTCTCCGCGATGCCACGCAGACGGTCGATCTCATTTTGCGAACATTCACCGCCAAACGGCGCAATTTCTACTACCAGTCCA > NC_000913/4138583‑4138871 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |