| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 996,051 | C→T | 6.7% | V298V (GTG→GTA) | ssuA ← | aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 996,051 | 0 | C | T | 6.7% | 181.3 / 2.4 | 59 | V298V (GTG→GTA) | ssuA | aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (31/24); new base T (2/2); total (33/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCAATCACCGGTGCCGGTAAGCCCATCGTTTTTGC > NC_000913/995905‑996191 | aTCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGc < 3:250359/147‑1 (MQ=255)aTCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGc < 6:274725/147‑1 (MQ=255) cAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCAc > 4:74211/1‑147 (MQ=255) cAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCAc > 7:51419/1‑147 (MQ=255) aCCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCAc > 7:79736/1‑145 (MQ=255) cGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGAtt > 5:235153/1‑148 (MQ=255) tcttcCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATaaa > 3:188144/1‑147 (MQ=255) ccGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAAc > 4:278064/1‑145 (MQ=255) ccGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAAc < 3:278064/145‑1 (MQ=255) 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aTAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGttt < 5:79015/148‑1 (MQ=255) aTGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTtgct > 7:319773/1‑148 (MQ=255) cccGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTtgctgc < 8:79736/147‑1 (MQ=255) cccGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTgctgct > 8:97821/1‑148 (MQ=255) tCACCGTGGGGCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTa < 5:123916/147‑1 (MQ=255) cACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGTACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAg > 6:84514/1‑148 (MQ=255) cACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGt > 6:123916/1‑145 (MQ=255) ccGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGTACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAggc < 5:84514/148‑1 (MQ=255) gTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAg < 4:289374/122‑1 (MQ=255) gTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAg > 3:289374/1‑122 (MQ=255) cGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAATGCGGCCACCt > 6:196946/1‑148 (MQ=255) 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aaCATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCgg > 1:187864/1‑148 (MQ=255) tatTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTg < 8:319773/148‑1 (MQ=255) tCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTGAACCGCTTTGAtg > 3:201128/1‑148 (MQ=255) cAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCgg < 1:92462/130‑1 (MQ=255) cAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCgg > 2:92462/1‑130 (MQ=255) aTAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATATAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGAGTTAACCGGTTTGATGGTGGTa < 1:302349/146‑1 (MQ=255) gTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGTACCAGACGATTTTCATAAAACAGAt < 7:164179/84‑1 (MQ=255) gTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGTACCAGACGATTTTCATAAAACAGAt > 8:164179/1‑84 (MQ=255) tccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAAc > 8:60066/1‑72 (MQ=255) tccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAAc < 7:60066/72‑1 (MQ=255) ccAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATTTCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCTGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCta < 5:196946/147‑1 (MQ=255) gTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt > 7:12532/1‑147 (MQ=255) ttGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt > 7:39822/1‑146 (MQ=255) ggCTGCCAGAGGCGCTGGAGAATATCGAGTGTTTTGGGCCCCAGCAGCTTTTCATAAACCAGATCTGCCGGTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTTGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCa < 2:71515/147‑1 (MQ=255) gCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCg < 3:222568/92‑1 (MQ=255) gCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCg > 4:222568/1‑92 (MQ=255) gCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGGTGATCTAAGTAAGAGGCAATCAc > 1:310684/1‑148 (MQ=255) cAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGATGTAAGGCGGCACCCTCGGCGTTAACCGGTTTTATGGTGGTAGGAGGGCGATGATGTAAGTAAGAGGCTATCACCg > 6:6829/1‑148 (MQ=255) gATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaag > 3:234278/1‑134 (MQ=255) gATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagtaag < 4:234278/134‑1 (MQ=255) gcgcTGGCGAAGATCGACTTTTTTCGGCACCATCCGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTACGGCGGCAACCTAGGCGTTAAGCGGTTTGATGGTGGTAGGTGGGAGAGGCGCGTAGGAAGAGGCAATCACCGGTGcc > 6:256679/1‑148 (MQ=255) cTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGTCAACCTCGGAGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCAATCACCGGTGCCGGt < 4:188144/148‑1 (MQ=255) cGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt > 7:2605/1‑121 (MQ=255) cGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCtaagt < 8:2605/121‑1 (MQ=255) tatCGAATTTTTTCGTCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTTCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCg < 2:44363/106‑1 (MQ=255) atCGACTTTTTTCGGCAACAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACAGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCga > 1:44363/1‑106 (MQ=255) aCTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCgg < 7:229433/80‑1 (MQ=255) aCTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCgg > 8:229433/1‑80 (MQ=255) aCTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCAATCACCGGTGCCGGTAAGCCCATCGttt < 6:203805/148‑1 (MQ=255) tttttCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGGGGCAATCACCGGTGCCGGTAAGCCCATCGTTTTTg > 8:94366/1‑148 (MQ=255) tttCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCAATCACCGGTGCCGGTAAGCCCATCGTTTTTGc > 8:61327/1‑147 (MQ=255) | ATCAACCGGGCGTGAACCTTCTTCCGTTCCCAGATAATGCCCGTCACCGTGGGTCGGTAAAAACCAGAACATATTCAGACTCATAATTGTTTTCCTTCCAGTTGAGTGGGCTGCCAGATGCGCTGGCGAATATCGACTTTTTTCGGCACCAGACGATTTTCATAAAACAGATCTGCCGTTTGCTGCTGTAAGGCGGCAACCTCGGCGTTAACCGGTTTGATGGTGGTAGGAGGGCGATGATCTAAGTAAGAGGCAATCACCGGTGCCGGTAAGCCCATCGTTTTTGC > NC_000913/995905‑996191 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |