| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,416,239 | C→A | 11.1% | T498K (ACG→AAG) | pta → | phosphate acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,416,239 | 0 | C | A | 11.1% | 246.8 / 18.4 | 81 | T498K (ACG→AAG) | pta | phosphate acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (35/37); new base A (5/4); total (40/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.37e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.95e-01 | |||||||||||
TGTAGAACTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCATGCTGCTGCC > NC_000913/2416093‑2416383 | tgtAGAACTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACg < 1:279647/148‑1 (MQ=255)tgtAGAACTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACg < 7:283653/148‑1 (MQ=255) aaCTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTGTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGAGGTGCTCGGTACGCTGAt > 1:65138/1‑148 (MQ=255) aCTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATg > 2:102060/1‑148 (MQ=255) cTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGc < 5:199038/148‑1 (MQ=255) tGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTTGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCTTGACCGAAACCGTTGCCCTCGAACAGCTGGAAGACAACGTTGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGaa < 5:164686/148‑1 (MQ=255) aGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAg < 1:43475/148‑1 (MQ=255) gggATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTAAGCTGATGCTGGAACAgg < 6:190938/148‑1 (MQ=255) gAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGaa < 6:171990/147‑1 (MQ=255) gAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGaa < 8:303468/147‑1 (MQ=255) gAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGAAAGAACAAATGCATGACCGAAACCGTTGCCAGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAg > 1:286693/1‑148 (MQ=255) aTCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGtt > 8:250356/1‑147 (MQ=255) tCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGa < 1:102060/148‑1 (MQ=255) tCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGa > 7:84629/1‑148 (MQ=255) cGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACTTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAt > 3:66864/1‑148 (MQ=255) cGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGAt > 3:13882/1‑126 (MQ=255) cGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGAt < 4:13882/126‑1 (MQ=255) cGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAt > 5:240798/1‑148 (MQ=255) gTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAGGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAt < 2:77560/147‑1 (MQ=255) tGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACg < 8:44465/118‑1 (MQ=255) tGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACg > 7:44465/1‑118 (MQ=255) gATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGt < 6:240798/147‑1 (MQ=255) aTCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTc < 4:247733/147‑1 (MQ=255) tCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTAAGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTg > 2:213555/1‑148 (MQ=255) cctgtaGTGGTTCGCGAATGCTTTGTTTGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGATCAAAGGCTTGACCGAAACGGTTGCCGGCGAAGAGCTGGTAGACATCGTTGTGCTAGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTg < 6:175517/142‑1 (MQ=255) cAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGt > 8:247315/1‑148 (MQ=255) gAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGt > 1:7165/1‑146 (MQ=255) gAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGt < 2:7165/146‑1 (MQ=255) tCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGc > 3:230404/1‑110 (MQ=255) tCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGc < 4:230404/110‑1 (MQ=255) aaaGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTca < 7:247315/148‑1 (MQ=255) aaGCTATGTTGGTCGTCTGGGCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTAAGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTcac < 8:6138/148‑1 (MQ=255) gTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCg > 3:103664/1‑148 (MQ=255) gTTGGTCGTCTGGTAGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCg > 1:242949/1‑148 (MQ=255) ggTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCa < 8:84629/147‑1 (MQ=255) tcTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTAAGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACAcc < 1:213555/148‑1 (MQ=255) gTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCAtcc > 7:226274/1‑148 (MQ=255) cGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGtgt > 7:320891/1‑106 (MQ=255) cGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCt < 8:320891/108‑1 (MQ=255) cGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCAtccgt > 8:150900/1‑148 (MQ=255) cGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCAtccgt > 6:215090/1‑148 (MQ=255) aCTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCAtccgtccg < 7:68990/148‑1 (MQ=255) gCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTccgccg > 3:177601/1‑148 (MQ=255) tAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCTAACAGCTGGAAGACATCGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGTTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTg < 3:181267/148‑1 (MQ=255) tAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGACCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTg < 3:181270/148‑1 (MQ=255) aCAAAGGCATGACCGAAACCGTTTCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCt > 8:197927/1‑148 (MQ=255) aCAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCt > 8:193037/1‑148 (MQ=255) cAACGGCCTGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCGGGGTACGCTGATGCTGGATCAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTAGCGGAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTg < 2:286693/148‑1 (MQ=255) cAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTg < 4:103664/148‑1 (MQ=255) aaaGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGAAGGTCTGCTTTCCGGTGCTCTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGACCCTGCAGCTGa > 7:102272/1‑148 (MQ=255) aaGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGAt < 5:215090/148‑1 (MQ=255) ggCATGAACGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGATGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATc > 5:169447/1‑147 (MQ=255) cATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCaa > 4:143214/1‑147 (MQ=255) aTGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCaaaa < 7:150900/148‑1 (MQ=255) 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gTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCATGCTGCTGcc > 4:10318/1‑148 (MQ=255) | TGTAGAACTGGGTGCAGGGATTGAAATCGTTGATCCAGAAGTGGTTCGCGAAAGCTATGTTGGTCGTCTGGTCGAACTGCGTAAGAACAAAGGCATGACCGAAACCGTTGCCCGCGAACAGCTGGAAGACAACGTGGTGCTCGGTACGCTGATGCTGGAACAGGATGAAGTTGATGGTCTGGTTTCCGGTGCTGTTCACACTACCGCAAACACCATCCGTCCGCCGCTGCAGCTGATCAAAACTGCACCGGGCAGCTCCCTGGTATCTTCCGTGTTCTTCATGCTGCTGCC > NC_000913/2416093‑2416383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |